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Yorodumi- PDB-4d79: Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine d... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d79 | ||||||
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Title | Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine dehydratase, TcdA, in complex with ATP at 1.768 Angstroem resolution | ||||||
Components | TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE | ||||||
Keywords | LIGASE / L-CYSTEINE DESULFURASE / TRANSPERSULFURATION / SULFUR TRAFFICKING | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ligases; Forming carbon-oxygen bonds / tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sodium ion binding / potassium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ESCHERICHIA COLI (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.768 Å | ||||||
Authors | Lopez-Estepa, M. / Arda, A. / Savko, M. / Round, A. / Shepard, W. / Bruix, M. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: The Crystal Structure and Small-Angle X-Ray Analysis of Csdl/Tcda Reveal a New tRNA Binding Motif in the Moeb/E1 Superfamily. Authors: Lopez-Estepa, M. / Arda, A. / Savko, M. / Round, A. / Shepard, W.E. / Bruix, M. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4d79.cif.gz | 399 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4d79.ent.gz | 328.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4d79.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d79 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4d7aC 1jwaS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 29667.164 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain: K-12 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q46927, Ligases; Forming carbon-oxygen bonds |
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-Non-polymers , 5 types, 528 molecules
#2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | ChemComp-ATP / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.86 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97948, 1.99976 | |||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL | |||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.77→77.23 Å / Num. obs: 89893 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.77 Å / Redundancy: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 38.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1JWA Resolution: 1.768→41.128 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.89 / Phase error: 19.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.768→41.128 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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