+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d2w | ||||||
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Title | Structure of MELK in complex with inhibitors | ||||||
Components | MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASEMELK | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / FRAGMENT BASED DRUG DESIGN | ||||||
Function / homology | Function and homology information neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / apoptotic process / calcium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / OTHER / Resolution: 1.92 Å | ||||||
Authors | Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. ...Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, L. / McMenamin, R. / Patel, S. / Rees, D.C. / Sharff, A. / Sommen, F. / Wu, T. / Linders, J.T.M. | ||||||
Citation | Journal: Acs Med.Chem.Lett. / Year: 2015 Title: Fragment-Based Discovery of Type I Inhibitors of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase Authors: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / ...Authors: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, L. / Mcmenamin, R. / Patel, S. / Rees, D.C. / Sharff, A. / Sommen, F. / Wu, T. / Linders, J.T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4d2w.cif.gz | 548 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4d2w.ent.gz | 452.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4d2w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4d2pC 4d2tC 4d2vC 4umpC 4umqC 4umrC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40876.273 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Description: IMAGE CLONE / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase #2: Chemical | ChemComp-NF5 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | HIS TAG ADDED AND C-TERMINAL RESIDUES NOT INCLUDED (304) | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 46 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: RIGAKU SATURN / Detector: CCD / Date: Sep 24, 2009 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: NI FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→35.01 Å / Num. obs: 107563 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0.75 / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 4.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: OTHER Starting model: NONE Resolution: 1.92→35.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9404 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9112 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Blow DPI: 0.162 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.162 Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY ATOMS. U VALUES WITH TLS ADDED
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Displacement parameters | Biso mean: 44.817 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.275 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.92→35.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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