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- PDB-4d1f: Crystal structure of the fiber head domain of the Atadenovirus sn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d1f
タイトルCrystal structure of the fiber head domain of the Atadenovirus snake adenovirus 1, native, first P212121 crystal form
要素FIBER PROTEIN繊維状タンパク質
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / カプシド / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / 繊維状タンパク質
機能・相同性情報
生物種SNAKE ADENOVIRUS 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Singh, A.K. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the fibre head domain of the Atadenovirus Snake Adenovirus 1.
著者: Singh, A.K. / Menendez-Conejero, R. / San Martin, C. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2013
タイトル: Crystallization of the C-terminal domain of the fibre protein from snake adenovirus 1, an atadenovirus.
著者: Singh, A.K. / Menendez-Conejero, R. / San Martin, C. / van Raaij, M.J.
#2: ジャーナル: Archives of Virology / 年: 1993
タイトル: Physicochemical Properties and Cytopathogenicity of an Adenovirus-Like Agent Isolated from Corn Snake (Elaphe Guttata).
著者: Juhasz, A. / Ahne, W.
#3: ジャーナル: Virus Res. / 年: 2008
タイトル: Completion of the Genome Analysis of Snake Adenovirus Type 1, a Representative of the Reptilian Lineage within the Novel Genus Atadenovirus.
著者: Farkas, S.L. / Harrach, B. / Benko, M.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBER PROTEIN
B: FIBER PROTEIN
C: FIBER PROTEIN
D: FIBER PROTEIN
E: FIBER PROTEIN
F: FIBER PROTEIN
G: FIBER PROTEIN
H: FIBER PROTEIN
I: FIBER PROTEIN
J: FIBER PROTEIN
K: FIBER PROTEIN
L: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,53313
ポリマ－184,44112
非ポリマー921
水3,945219
1
D: FIBER PROTEIN
E: FIBER PROTEIN
F: FIBER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2024
ポリマ－46,1103
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-22.8 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
2
J: FIBER PROTEIN
K: FIBER PROTEIN
L: FIBER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1103
ポリマ－46,1103
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-21.5 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
3
A: FIBER PROTEIN
B: FIBER PROTEIN
C: FIBER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1103
ポリマ－46,1103
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-22.3 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
4
G: FIBER PROTEIN
H: FIBER PROTEIN
I: FIBER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1103
ポリマ－46,1103
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-21.9 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.660, 122.450, 133.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLNGLNAA240 - 24940 - 49
21THRTHRGLNGLNBB240 - 24940 - 49
31THRTHRGLNGLNCC240 - 24940 - 49
41THRTHRGLNGLNDD240 - 24940 - 49
51THRTHRGLNGLNEE240 - 24940 - 49
61THRTHRGLNGLNFF240 - 24940 - 49
71THRTHRGLNGLNGG240 - 24940 - 49
81THRTHRGLNGLNHH240 - 24940 - 49
91THRTHRGLNGLNII240 - 24940 - 49
101THRTHRGLNGLNJJ240 - 24940 - 49
111THRTHRGLNGLNKK240 - 24940 - 49
121THRTHRGLNGLNLL240 - 24940 - 49
12SERSERGLUGLUAA255 - 34455 - 144
22SERSERGLUGLUBB255 - 34455 - 144
32SERSERGLUGLUCC255 - 34455 - 144
42SERSERGLUGLUDD255 - 34455 - 144
52SERSERGLUGLUEE255 - 34455 - 144
62SERSERGLUGLUFF255 - 34455 - 144
72SERSERGLUGLUGG255 - 34455 - 144
82SERSERGLUGLUHH255 - 34455 - 144
92SERSERGLUGLUII255 - 34455 - 144
102SERSERGLUGLUJJ255 - 34455 - 144
112SERSERGLUGLUKK255 - 34455 - 144
122SERSERGLUGLULL255 - 34455 - 144

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要素

#1: タンパク質
FIBER PROTEIN / 繊維状タンパク質 / SPIKE / PROTEIN IV / FIBER PROTEIN OF THE ATADENOVIRUS SNAKE ADENOVIRUS 1


分子量: 15370.116 Da / 分子数: 12 / 断片: FIBER HEAD DOMAIN, RESIDUES 234-339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SNAKE ADENOVIRUS 1 (ウイルス)
解説: SNAKE ADENOVIRUS 1 (SNADV1) WAS FIRST ISOLATED FROM THE CORN SNAKE ELAPHE GUTTATA, JUHASZ & AHNE, 1993, SEE ADDITIONAL REFERENCE 2.
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CB96
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE C-TERMINAL PART OF THE SEQUENCE IS DIFFERENT, WE BELIEVE THE DATABASE SEQUENCE IS WRONG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 10 MM TRIS-HCL, 1.7 M AMMONIUM SULFATE, 0.085 M HEPES SODIUM SALT PH 7.5, 1.7%(V/V) PEG 400, 15%(V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月30日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT ESRF MONOCHROMATOR SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 36484 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D0V

4d0v


解像度: 2.7→29.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 15.523 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24736 2057 5.9 %THIN SHELLS
Rwork0.21227 ---
obs0.21442 32882 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.454 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.98 Å20 Å20 Å2
2---2.06 Å20 Å2
3----3.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9574 0 6 219 9799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0229784
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.97913243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.31151255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35523.939396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.72151569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9451548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.23320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.26671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3870.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3180.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.87726252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93449970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.82883532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.68123273
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 757 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.050.05
2Btight positional0.050.05
3Ctight positional0.050.05
4Dtight positional0.040.05
5Etight positional0.050.05
6Ftight positional0.050.05
7Gtight positional0.050.05
8Htight positional0.040.05
9Itight positional0.040.05
10Jtight positional0.040.05
11Ktight positional0.050.05
12Ltight positional0.050.05
1Atight thermal0.10.5
2Btight thermal0.110.5
3Ctight thermal0.110.5
4Dtight thermal0.090.5
5Etight thermal0.10.5
6Ftight thermal0.10.5
7Gtight thermal0.10.5
8Htight thermal0.090.5
9Itight thermal0.090.5
10Jtight thermal0.110.5
11Ktight thermal0.120.5
12Ltight thermal0.10.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.862 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 329 -
Rwork0.316 5194 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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