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万見
- PDB-4cza: Structure of the sodium proton antiporter PaNhaP from Pyrococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cza
タイトルStructure of the sodium proton antiporter PaNhaP from Pyrococcus abyssii with bound thallium ion.
要素NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TRANSPORTER (運搬体タンパク質) / EXCHANGER / CPA
機能・相同性
機能・相同性情報


antiporter activity / proton transmembrane transport / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / THALLIUM (I) ION / ウンデカン / Na+/H+ antiporter, putative
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS ABYSSI GE5 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Woehlert, D. / Kuhlbrandt, W. / Yildiz, O.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structure and substrate ion binding in the sodium/proton antiporter PaNhaP.
著者: Wohlert, D. / Kuhlbrandt, W. / Yildiz, O.
履歴
登録2014年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE
B: NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,05711
ポリマ－93,4872
非ポリマー1,5699
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-43.2 kcal/mol
Surface area34330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.056, 107.402, 99.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE / PANHAP ANTIPORTER


分子量: 46743.695 Da / 分子数: 2 / 断片: TRANSPORTER DOMAIN, RESIDUES 1-420 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS ABYSSI GE5 (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9UZ55
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 18分子

#2: 化合物
ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 163.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION / タリウム


分子量: 204.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#5: 化合物 ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97874
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97874 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.6 Å / Num. obs: 34763 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 116.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CZ8

4cz8


解像度: 3.2→49.599 Å / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 1883 5.1 %
Rwork0.2482 --
obs0.2507 18708 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.599 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6560 0 81 10 6651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7149208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5712450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031093
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.28660.49721550.41942608X-RAY DIFFRACTION99
3.2866-3.38330.41841440.34842741X-RAY DIFFRACTION99
3.3833-3.49250.42491330.33732625X-RAY DIFFRACTION100
3.4925-3.61730.3051460.29352684X-RAY DIFFRACTION99
3.6173-3.76210.32341340.26342660X-RAY DIFFRACTION100
3.7621-3.93320.40471430.26652671X-RAY DIFFRACTION100
3.9332-4.14050.27141500.25262728X-RAY DIFFRACTION100
4.1405-4.39970.30251310.2362615X-RAY DIFFRACTION100
4.3997-4.73920.28561700.21932713X-RAY DIFFRACTION100
4.7392-5.21570.28711250.22152657X-RAY DIFFRACTION100
5.2157-5.96930.34641440.27242711X-RAY DIFFRACTION100
5.9693-7.51650.36131540.26662662X-RAY DIFFRACTION100
7.5165-49.60450.21731540.21252654X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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