PDB-4cz9: Structure of the sodium proton antiporter PaNhaP from Pyrococcus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cz9

タイトル

Structure of the sodium proton antiporter PaNhaP from Pyrococcus abyssii at pH 4.

要素

NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

TRANSPORTER (運搬体タンパク質) / EXCHANGER / CPA

機能・相同性

Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family /

antiporter activity / proton transmembrane transport /

生体膜 / Chem-OOC / Na+/H+ antiporter, putative

機能・相同性情報

生物種

PYROCOCCUS ABYSSI GE5 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Woehlert, D. / Kuhlbrandt, W. / Yildiz, O.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structure and substrate ion binding in the sodium/proton antiporter PaNhaP.
著者: Wohlert, D. / Kuhlbrandt, W. / Yildiz, O.

履歴

登録	2014年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cz9.cif.gz	171.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cz9.ent.gz	137.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/4cz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/4cz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cz8SC 4czaC 4czb S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vt4-2 10890 2hox-d 2q5l-1 11623 6n7w-d 6czx-d 4rdv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE

B: NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE

ヘテロ分子

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE

B: NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE

ヘテロ分子

A: NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE

B: NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.566, 109.566, 209.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	NA+/H+ ANTIPORTER, PUTATIVE / PANHAP ANTIPORTER 分子量: 46571.613 Da / 分子数: 2 / 断片: TRANSPORTER DOMAIN, RESIDUES 1-422 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS ABYSSI GE5 (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9UZ55
#2: 化合物	ChemComp-OOC / octyl 4-O-beta-D-allopyranosyl-1-thio-beta-D-altropyranoside / N-BETA-OCTYL-THIO-MALTOSIDE 分子量: 470.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₈O₁₀S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4 / 詳細: pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 33232 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 3.5→3.72 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CZ8

4cz8

解像度: 3.5→50 Å / σ(F): 1.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	1782	5 %
R_work	0.242	-	-
obs	-	33232	100 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6560	0	31	1	6592

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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