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- PDB-4cyc: CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cyc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE HEXAPEPTIDE AND UBDA MOTIFS
要素
  • 5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*GP)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'
  • HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLEホメオボックス
  • HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAXホメオシス
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / HOX / PBC / DNA PROTEIN COMPLEX (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / salivary gland boundary specification / haltere development / oenocyte development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax ...dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / salivary gland boundary specification / haltere development / oenocyte development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax / open tracheal system development / imaginal disc-derived leg morphogenesis / somatic muscle development / muscle cell fate specification / polytene chromosome band / endoderm formation / eye development / regulation of cell fate specification / peripheral nervous system development / 拘束 (生物学) / anterior/posterior pattern specification / midgut development / transcription factor binding / neuron development / embryonic organ development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription repressor complex / transcription coregulator binding / デオキシリボ核酸 / transcription coregulator activity / animal organ morphogenesis / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / heart development / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeobox protein extradenticle / Homeotic protein ultrabithorax
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Foos, N. / Mate, M.J. / Ortiz-Lombardia, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Flexible Extension of the Drosophila Ultrabithorax Homeodomain Defines a Novel Hox/Pbc Interaction Mode.
著者: Foos, N. / Maurel-Zaffran, C. / Mate, M.J. / Vincentelli, R. / Hainaut, M. / Berenger, H. / Pradel, J. / Saurin, A.J. / Ortiz-Lombardia, M. / Graba, Y.
履歴
登録2014年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX
B: HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE
C: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'
D: 5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*GP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4954
ポリマ－29,4954
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-28.5 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.707, 97.707, 73.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX / ホメオシス


分子量: 11459.246 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMEODOMAIN WITH HX AND UBDA, RESIDUES 233-367 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: UBXIVA PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P83949
#2: タンパク質 HOMEOBOX PROTEIN EXTRADENTICLE / ホメオボックス / DPBX / HOMEOTIC PROTEIN EXTRADENTICLE


分子量: 8857.946 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: EXD2 PETG20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P40427
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*CP)-3'


分子量: 4537.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
#4: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*GP)-3'


分子量: 4640.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST METHIONINE FROM EXPRESSION VECTOR FIRST GLYCINE FROM EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.3853
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→84.62 Å / Num. obs: 17094 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 83.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 41.2
反射 シェル解像度: 2.36→2.37 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BZL

4bzl
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.36→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9425 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9429 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.218 / SU Rfree Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 863 5.07 %RANDOM
Rwork0.2121 ---
obs0.2128 17038 99.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 87.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8322 Å20 Å20 Å2
2---3.8322 Å20 Å2
3---7.6643 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.828 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1079 609 0 68 1756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091807HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.882556HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d572SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes28HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes190HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1807HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.77
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion230SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1909SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.5 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 141 5.18 %
Rwork0.2472 2579 -
all0.2487 2720 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6769-0.6148-1.66765.6381-1.387611.0884-0.1314-0.06290.73130.76990.3419-0.2977-1.48590.399-0.21050.103-0.1121-0.1088-0.4696-0.0142-0.1948-41.301615.95328.9342
23.8978-1.02620.87953.09770.298816.42340.12240.4397-0.0097-0.4562-0.14230.0803-0.67650.05870.01990.2836-0.1484-0.0454-0.24350.0368-0.177-46.64485.818-16.1441
34.08143.3726-1.647713.6297-4.801914.6098-0.43350.06030.4909-0.51410.1258-0.525-1.12380.53960.30770.0777-0.2833-0.1139-0.29720.0059-0.0396-39.299613.20770.0095
4-0.0594-1.2302-0.47574.4397-3.300912.81310.0611-0.0513-0.0593-0.3246-0.2167-0.4859-0.32390.29740.15560.2032-0.2147-0.0137-0.25090.02460.0554-41.96687.5963-2.0011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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