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Yorodumi- PDB-4cup: Crystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-1 N09421 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cup | ||||||
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Title | Crystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-1 N09421 | ||||||
Components | BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / metal ion binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Bradley, A.R. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Human Baz2B in Complex with Fragment-1 N09421 Authors: R Bradley, A. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cup.cif.gz | 65 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4cup.ent.gz | 49.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cup.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/4cup | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13618.652 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: BROMODOMAIN, RESIDUES 1858-1972 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PNIC28-BSA4 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): R3 / References: UniProt: Q9UIF8 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-ZYB / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.3 Å3/Da / Density % sol: 70 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.4 / Details: 34% PEG SMEAR LOW, 0.1M MES PH 6.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.97 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Apr 29, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→32.97 Å / Num. obs: 18470 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 26.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.93 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.88→18.538 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.9 / Phase error: 25.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→18.538 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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