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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cnb | ||||||
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タイトル | Structure of proximal thread matrix protein 1 (PTMP1) from the mussel byssus - Crystal form 2 | ||||||
要素 | PROXIMAL THREAD MATRIX PROTEIN 1 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | MYTILUS GALLOPROVINCIALIS (イガイ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Gertz, M. / Suhre, M.H. / Scheibel, T. / Steegborn, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014 タイトル: Structural and Functional Features of a Collagen-Binding Matrix Protein from the Mussel Byssus. 著者: Suhre, M.H. / Gertz, M. / Steegborn, C. / Scheibel, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cnb.cif.gz | 291.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cnb.ent.gz | 239.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cnb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cnb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9117, -0.002427, 0.4108), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48970.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYTILUS GALLOPROVINCIALIS (イガイ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q8T5C2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 28% PEG2000-MME 0.2 M AMMONIUM SULFATE 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月5日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→55.3 Å / Num. obs: 63031 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4CN8 解像度: 1.95→38.977 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.977 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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