PDB-4chc: Crystal structure of the N-terminal domain of the PA subunit of T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4chc

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domain of the PA subunit of Thogoto virus polymerase (form 2)

要素

POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / viral RNA genome replication / host cell nucleus /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

THOGOTO VIRUS (トゴトウイルス属)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Guilligay, D. / Kadlec, J. / Crepin, T. / Lunardi, T. / Bouvier, D. / Kochs, G. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Comparative Structural and Functional Analysis of Orthomyxovirus Polymerase CAP-Snatching Domains.
著者: Guilligay, D. / Kadlec, J. / Crepin, T. / Lunardi, T. / Bouvier, D. / Kochs, G. / Ruigrok, R.W.H. / Cusack, S.

履歴

登録	2013年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4chc.cif.gz	376.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4chc.ent.gz	311.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4chc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4chc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4chc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cgsC 4cgxC 4chdC 4cheC 4chfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r8v-d 3ebw-d 3zz5-1 1s4m-1 3zev-2 6dwf-3 3zz9-1 4tt8-d 6hc7-3 6z00-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

B: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

C: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

D: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

E: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

F: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

123 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

F: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

D: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

B: POLYMERASE ACIDIC PROTEIN

ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.000, 79.160, 70.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	POLYMERASE ACIDIC PROTEIN / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT P3 分子量: 20503.381 Da / 分子数: 6 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-170 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THOGOTO VIRUS (トゴトウイルス属) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS-RIL / 参照: UniProt: P27194
非ポリマーの詳細	SELENOMETHIONINE (MSE): SELENOMETHIONATED PROTEIN
配列の詳細	EXTRA GMGSGMA AT N-TERMINUS AFTER HIS-TAG CLEAVAGE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MGCL2, 0.1 M MES PH 6.5 AND 22% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 26711 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.77→2.87 Å / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 51.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: DHORI VIRUS POLYMERASE PA N-TERMINAL DOMAIN

解像度: 2.77→102.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 40.504 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27868	1354	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2287	-	-	-
obs	0.23127	25357	92.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	-0.75 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→102.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7451	0	0	0	7451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	7615
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.947	1.93	10358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.668	3	15999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.461	5	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.451	24.489	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.745	15	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.128	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.66	2.13	3641
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.66	2.13	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.223	3.187	4525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.534	2.179	3974
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.77→2.842 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	52	-
R_work	0.324	852	-
obs	-	-	42.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9483	-0.5996	-0.291	5.7134	2.0882	2.7027	-0.0164	-0.2074	0.0323	0.0015	0.0003	0.1251	-0.0019	-0.1	0.0161	0.0045	-0.0063	-0.016	0.0444	0.0321	0.1999	-56.2459	-11.127	29.6464
2	3.6965	0.4004	0.2041	2.9678	-1.8397	5.7222	0.0141	0.2392	0.2452	0.0346	-0.1246	0.1128	0.0413	0.1549	0.1105	0.0431	0.0188	-0.0209	0.0645	0.0019	0.2978	-45.0299	-12.021	-0.0818
3	2.121	0.6273	-0.1102	5.5728	-1.9554	3.3418	0.0361	0.3289	-0.0993	-0.1514	-0.0702	-0.1213	0.1027	0.1543	0.0341	0.0266	0.04	-0.0087	0.1291	0.0112	0.2373	-15.9776	-9.2743	16.714
4	4.2693	0.8843	0.823	2.9896	2.5804	6.3016	0.1311	-0.3513	0.3333	0.1227	-0.2506	-0.1205	0.0176	-0.1086	0.1196	0.0628	-0.0266	-0.0247	0.1006	0.0367	0.3246	-26.8535	-10.6825	46.4709
5	2.87	1.3561	-0.4042	5.6425	-1.3906	3.3274	-0.0594	0.3174	0.1135	-0.1289	0.0055	0.067	-0.0949	0.0654	0.0538	0.0594	0.0272	-0.0209	0.0667	-0.0221	0.2581	-82.3718	-9.7185	-6.6413
6	4.8466	1.4826	0.3418	2.9828	1.6513	6.91	0.1891	-0.7841	0.3696	0.3145	-0.4913	0.0608	-0.0191	-0.1934	0.3022	0.1835	-0.055	-0.0099	0.2808	-0.0675	0.4552	-93.1797	-10.4728	23.6734

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 165
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 166
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 165
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 166

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関連情報:EMDBヘッダ

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