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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cc3 | ||||||
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タイトル | Complex of human Tuba C-terminal SH3 domain and Mena proline-rich peptide - H3 | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / TUBA / SRC HOMOLOGY 3 / SH3 DOMAIN (SH3ドメイン) / MENA / NDPP-1 / PROLINE- RICH PEPTIDE / ACTIN CYTOSKELETON (マイクロフィラメント) / CORTICAL TENSION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by ROBO receptors / actin polymerization-dependent cell motility / WW domain binding / profilin binding / ゴルジ体 / actin polymerization or depolymerization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / cilium assembly / stress fiber ...Signaling by ROBO receptors / actin polymerization-dependent cell motility / WW domain binding / profilin binding / ゴルジ体 / actin polymerization or depolymerization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / cilium assembly / stress fiber / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / filopodium / neural tube closure / actin filament organization / 軸索誘導 / SH3 domain binding / cell-cell junction / マイクロフィラメント / presynapse / 細胞結合 / lamellipodium / actin binding / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / neuron projection / focal adhesion / シナプス / ゴルジ体 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Polle, L. / Rigano, L. / Julian, R. / Ireton, K. / Schubert, W.-D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: Structural Details of Human Tuba Recruitment by Inlc of Listeria Monocytogenes Elucidate Bacterial Cell-Cell Spreading. 著者: Polle, L. / Rigano, L.A. / Julian, R. / Ireton, K. / Schubert, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cc3.cif.gz | 137 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cc3.ent.gz | 109.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/4cc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/4cc3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7712.617 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL SH3 DOMAIN, RESIDUES 1513-1577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS / 参照: UniProt: Q6XZF7 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1163.321 Da / 分子数: 4 / 断片: PROLINE-RICH PEPTIDE, RESIDUES 547-558 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q03173 #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PE4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FIRST TWO RESIDUES OF THE SEQUENCE GP ARE REMNANTS OF THE FUSION PROTEIN CLEAVAGE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: 2.5 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月18日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 25648 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.09 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ZUU 解像度: 1.97→34.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.721 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.781 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→34.33 Å
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拘束条件 |
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