+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cai | ||||||
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Title | Structure of inner DysF domain of human dysferlin | ||||||
Components | DYSFERLIN | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE REPAIR / LIMB-GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY / DYSF DOMAIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information monocyte activation involved in immune response / regulation of neurotransmitter secretion / macrophage activation involved in immune response / calcium-dependent phospholipid binding / negative regulation of phagocytosis / centriolar satellite / endocytic vesicle / Smooth Muscle Contraction / T-tubule / cytoplasmic vesicle membrane ...monocyte activation involved in immune response / regulation of neurotransmitter secretion / macrophage activation involved in immune response / calcium-dependent phospholipid binding / negative regulation of phagocytosis / centriolar satellite / endocytic vesicle / Smooth Muscle Contraction / T-tubule / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / sarcolemma / synaptic vesicle membrane / late endosome / early endosome / endosome / calcium ion binding / extracellular exosome / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Sula, A. / Cole, A.R. / Yeats, C. / Orengo, C. / Keep, N.H. | ||||||
Citation | Journal: Bmc Struct.Biol. / Year: 2014 Title: Crystal Structures of the Human Dysferlin Inner Dysf Domain Authors: Sula, A. / Cole, A.R. / Yeats, C. / Orengo, C. / Keep, N.H. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2008 Title: Solution Structure of the Inner Dysf Domain of Myoferlin and Implications for Limb Girdle Muscular Dystrophy Type 2B. Authors: Patel, P. / Harris, R. / Geddes, S.M. / Strehle, E. / Watson, J.D. / Bashir, R. / Bushby, K. / Driscoll, P.C. / Keep, N.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cai.cif.gz | 162.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4cai.ent.gz | 130.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cai.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4cai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4cai | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4cahSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 13603.146 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: INNER DYSF DOMAIN, RESIDUES 942-1052 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Tissue: MUSCLESkeletal muscle / Description: CDNA PROVIDED BY JAIN FOUNDATION / Plasmid: PNIC28BSA4 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA2 / References: UniProt: O75923 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.8 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: 0.04M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 16% PEG 8000, 20% GLYCEROL, 0.2M NABR, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 1.03753 |
Detector | Type: PILATUS / Date: Sep 15, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03753 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 24062 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 45.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4CAH Resolution: 2.2→35.505 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→35.505 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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