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Yorodumi- PDB-4cad: Mechanism of farnesylated CAAX protein processing by the integral... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cad | ||||||
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Title | Mechanism of farnesylated CAAX protein processing by the integral membrane protease Rce1 | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / INTEGRAL MEMBRANE PROTEASE / MONOCLONAL ANTIBODY FAB FRAGMENT | ||||||
Function / homology | Function and homology information CAAX-box protein processing / plasma membrane => GO:0005886 / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / endopeptidase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / proteolysis / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | METHANOCOCCUS MARIPALUDIS (archaea) MUS MUSCULUS (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Kulkarni, K. / Manolaridis, I. / Dodd, R.B. / Cronin, N. / Ogasawara, S. / Iwata, S. / Barford, D. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Mechanism of Farnesylated Caax Protein Processing by the Intramembrane Protease Rce1 Authors: Manolaridis, I. / Kulkarni, K. / Dodd, R.B. / Ogasawara, S. / Zhang, Z. / Bineva, G. / O'Reilly, N. / Hanrahan, S.J. / Thompson, A.J. / Cronin, N. / Iwata, S. / Barford, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cad.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4cad.ent.gz | 917.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cad.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4cad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4cad | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3vg9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 8 molecules ADGJBEHK
#1: Antibody | Mass: 23664.043 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: NATURAL SOURCE / Source: (natural) MUS MUSCULUS (house mouse) #2: Antibody | Mass: 24371.141 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) MUS MUSCULUS (house mouse) |
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-Protein / Non-polymers , 2 types, 327 molecules CFIL
#3: Protein | Mass: 31204.119 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) METHANOCOCCUS MARIPALUDIS (archaea) Description: LEIBNIZ-INSTITUT DSMZ - DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH Production host: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: Q6LZY8 #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Sugars , 2 types, 4 molecules
#4: Sugar | #5: Sugar | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.45 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 / Details: 12.5 MM MOPS PH 7.0, 350 MM NACL, 30% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.91997 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91997 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→42.34 Å / Num. obs: 129829 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / Redundancy: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 42.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3VG9 Resolution: 2.5→42.343 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.97 / Phase error: 42.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→42.343 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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