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万見
- PDB-4c31: Nup1:Sac3:Sus1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c31
タイトルNup1:Sac3:Sus1 complex
要素
  • NUCLEAR MRNA EXPORT PROTEIN SAC3
  • NUCLEOPORIN NUP1
  • PROTEIN SUS1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / NUCLEAR TRANSPORT (核輸送) / MRNA EXPORT / GENE EXPRESSION PATHWAY INTEGRATION / NUCLEAR PORE (核膜孔)
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament-based process / DUBm complex / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / transcription export complex 2 / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear mRNA surveillance / nuclear pore cytoplasmic filaments / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery ...actin filament-based process / DUBm complex / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / transcription export complex 2 / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear mRNA surveillance / nuclear pore cytoplasmic filaments / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SLIK (SAGA-like) complex / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / mRNA 3'-end processing / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / SAGA complex / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / transcription-coupled nucleotide-excision repair / enzyme activator activity / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / protein export from nucleus / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribosomal small subunit biogenesis / protein import into nucleus / regulation of protein localization / protein transport / 核膜 / mitotic cell cycle / chromatin organization / 核膜 / transcription coactivator activity / molecular adaptor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nuclear mRNA export protein Sac3 / SAC3 helical domain / Leucine permease transcriptional regulator helical domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP family / ENY2/SUS1 / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 ...Nuclear mRNA export protein Sac3 / SAC3 helical domain / Leucine permease transcriptional regulator helical domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP family / ENY2/SUS1 / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 / Nuclear pore complex protein / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP1 / Nuclear mRNA export protein SAC3 / Transcription and mRNA export factor SUS1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Stewart, M. / Jani, D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Binding the Trex2 Complex to Nuclear Pores, Gal1 Localisation and Mrna Export.
著者: Jani, D. / Valkov, E. / Stewart, M.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR MRNA EXPORT PROTEIN SAC3
B: PROTEIN SUS1
C: NUCLEOPORIN NUP1
D: NUCLEAR MRNA EXPORT PROTEIN SAC3
E: PROTEIN SUS1
F: NUCLEOPORIN NUP1
X: NUCLEOPORIN NUP1
Y: NUCLEOPORIN NUP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8568
ポリマ－45,8568
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12760 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area14520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.550, 95.550, 105.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質・ペプチド NUCLEAR MRNA EXPORT PROTEIN SAC3 / LEUCINE PERMEASE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / SAC3


分子量: 4062.587 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 757-787 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PGEXTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46674
#2: タンパク質 PROTEIN SUS1 / SUS1


分子量: 11094.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WNK7
#3: タンパク質・ペプチド
NUCLEOPORIN NUP1 / NUCLEAR PORE PROTEIN NUP1 / NUP1


分子量: 3885.394 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 322-355 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PGEXTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20676
配列の詳細INITIAL GS ADDED FROM VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: DESCRIBED IN DETAIL IN PUBLICATION, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 11573 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.34 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 70.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FWB

3fwb


解像度: 3→47.775 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 554 4.8 %
Rwork0.2068 --
obs0.2086 11514 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.1 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 0 0 2340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6623178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.868902
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.30180.33321530.28312668X-RAY DIFFRACTION99
3.3018-3.77950.28791430.23642686X-RAY DIFFRACTION100
3.7795-4.7610.2361390.18992735X-RAY DIFFRACTION100
4.761-47.7810.19751190.1872871X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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