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- PDB-4bpb: STRUCTURAL INSIGHTS INTO RNA RECOGNITION BY RIG-I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bpb
タイトルSTRUCTURAL INSIGHTS INTO RNA RECOGNITION BY RIG-I
要素
  • 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
  • PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX58
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / ADENOSINE TRIPHOSPHATE (アデノシン三リン酸) / DEAD-BOX RNA HELICASES / DOUBLE-STRANDED (塩基対) / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / RSV-host interactions / pattern recognition receptor activity ...regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / RSV-host interactions / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / antiviral innate immune response / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / bicellular tight junction / regulation of cell migration / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interferon-beta production / Evasion by RSV of host interferon responses / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interleukin-8 production / response to virus / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / ISG15 antiviral mechanism / ruffle membrane / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / Ovarian tumor domain proteases / マイクロフィラメント / TRAF3-dependent IRF activation pathway / 遺伝子発現 / double-stranded DNA binding / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / Ub-specific processing proteases / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / 自然免疫系 / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I ...phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Beta Complex / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Antiviral innate immune response receptor RIG-I
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.584 Å
データ登録者Luo, D. / Pyle, A.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural Insights Into RNA Recognition by Rig-I.
著者: Luo, D. / Ding, S.C. / Vela, A. / Kohlway, A. / Lindenbach, B.D. / Pyle, A.M.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX58
C: 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5535
ポリマ－86,3913
非ポリマー1612
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-47.9 kcal/mol
Surface area34560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.618, 76.208, 219.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX58 / DEAD BOX PROTEIN 58 / RETINOIC ACID-INDUCIBLE GENE 1 PROTEIN / RIG-1 / RETINOIC ACID-INDUCIBLE GENE ...DEAD BOX PROTEIN 58 / RETINOIC ACID-INDUCIBLE GENE 1 PROTEIN / RIG-1 / RETINOIC ACID-INDUCIBLE GENE I PROTEIN / RIG-I


分子量: 79977.141 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 230-925 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O95786, ヘリカーゼ
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'


分子量: 3206.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9
詳細: 0.1 M BICINE, PH 9.0, 22.5 % POLYETHYLENE GLYCOL 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45 Å / Num. obs: 25750 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.56 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 52.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.22
反射 シェル解像度: 2.58→2.68 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.584→39.928 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BETTER REFINEMENT OF PDB ENTRY 2YKG
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 1311 5.1 %
Rwork0.1947 --
obs0.1978 25746 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.584→39.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4978 424 6 107 5515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7357622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.672102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053879
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003894
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.584-2.68750.32881410.27522478X-RAY DIFFRACTION93
2.6875-2.80980.37131330.28152722X-RAY DIFFRACTION99
2.8098-2.95780.30261480.25342675X-RAY DIFFRACTION100
2.9578-3.14310.32381600.2292670X-RAY DIFFRACTION100
3.1431-3.38570.27511260.21312739X-RAY DIFFRACTION100
3.3857-3.72610.26911520.18962699X-RAY DIFFRACTION100
3.7261-4.26480.25371510.16462756X-RAY DIFFRACTION100
4.2648-5.37110.19651520.15472770X-RAY DIFFRACTION100
5.3711-39.93240.22641480.19162926X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4450.3061-0.32961.8883-0.28422.17860.0013-0.1837-0.14580.05040.0573-0.14820.00770.2033-0.02380.10810.00520.00580.13630.09470.18949.349813.354116.4757
20.39940.2776-0.48182.0049-0.73751.1576-0.13120.0317-0.0953-0.00060.01730.140.421-0.06680.09530.3222-0.0892-0.00090.33850.02770.3062-9.0759-18.886522.6294
32.76050.1736-0.70782.7936-0.00073.7796-0.1373-0.0619-0.42160.3693-0.34510.07170.1384-0.05240.4530.47820.02690.08910.45060.01370.2925-11.82377.105749.851
43.2411-0.8778-1.05451.6438-0.49350.76090.23820.2294-0.4774-0.36340.38280.73910.3567-1.191-0.30010.3971-0.096-0.10120.50650.12610.4262-11.66741.937428.0065
51.25840.47510.0570.50860.46910.6101-0.0014-0.0242-0.1958-0.24960.50780.5287-0.1244-0.61020.12530.33730.0021-0.29470.59520.48890.6783-9.52850.404130.8073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 236 THROUGH 455 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 456 THROUGH 795 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 796 THROUGH 927 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 10 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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