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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bdp | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS DNA POLYMERASE I FRAGMENT COMPLEXED TO 11 BASE PAIRS OF DUPLEX DNA AFTER ADDITION OF TWO DATP RESIDUES | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS DNA POLYMERASE / BF THERMOPHILUS POLYMERASE / COMPLEX (NUCLEOTIDYLTRANSFERASE-DNA) / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kiefer, J.R. / Mao, C. / Beese, L.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Visualizing DNA replication in a catalytically active Bacillus DNA polymerase crystal. 著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Braman, J.C. / Beese, L.S. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Thermostable Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment at 2.1 A Resolution 著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Hansen, C.J. / Basehore, S.L. / Hogrefe, H.H. / Braman, J.C. / Beese, L.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#1: DNA鎖 | 分子量: 3342.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3981.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#3: タンパク質 | 分子量: 66200.859 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 297-876 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 559分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 % 解説: LTI/SIGMA(I)> FOR THE DATA SET : 18.9 LTI/SIGMA(I)> FOR SHELL : 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 63.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 72444 / Num. obs: 72444 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rsym value: 0.047 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rsym value: 0.133 / % possible all: 76.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 314981 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.6 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2BDP 解像度: 1.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.421 |