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Yorodumi- PDB-4b9y: Crystal Structure of Apo Agd31B, alpha-transglucosylase in Glycos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4b9y | ||||||
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Title | Crystal Structure of Apo Agd31B, alpha-transglucosylase in Glycoside Hydrolase Family 31 | ||||||
Components | ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase activity / alpha-glucosidase activity / N-glycan processing / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | CELLVIBRIO JAPONICUS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Larsbrink, J. / Izumi, A. / Hemsworth, G.R. / Davies, G.J. / Brumer, H. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Structural Enzymology of Cellvibrio Japonicus Agd31B Reveals Alpha-Transglucosylase Activity in Glycoside Hydrolase Family 31 Authors: Larsbrink, J. / Izumi, A. / Hemsworth, G.R. / Davies, G.J. / Brumer, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4b9y.cif.gz | 327.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4b9y.ent.gz | 276.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4b9y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 92511.500 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) CELLVIBRIO JAPONICUS (bacteria) / Plasmid: PENTR/SD/D-TOPO / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B3PEE6, alpha-glucosidase |
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-Non-polymers , 5 types, 665 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-OXL / | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PG4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.7 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES (PH7.0), 2% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→49.3 Å / Num. obs: 92667 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 22 % / Biso Wilson estimate: 22.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 21.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 1.9→49.324 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / Phase error: 18.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.06 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.552 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→49.324 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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