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万見
- PDB-4b93: Complex of Vamp7 cytoplasmic domain with 2nd ankyrin repeat domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b93
タイトルComplex of Vamp7 cytoplasmic domain with 2nd ankyrin repeat domain of Varp
要素
  • ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27
  • VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
キーワードEXOCYTOSIS (エキソサイトーシス) / ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / SNARE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein targeting to vacuolar membrane / positive regulation of histamine secretion by mast cell / negative regulation of SNARE complex assembly / triglyceride transport / natural killer cell degranulation / tubular endosome / vesicle fusion with Golgi apparatus / endosome to melanosome transport / neutrophil degranulation / eosinophil degranulation ...regulation of protein targeting to vacuolar membrane / positive regulation of histamine secretion by mast cell / negative regulation of SNARE complex assembly / triglyceride transport / natural killer cell degranulation / tubular endosome / vesicle fusion with Golgi apparatus / endosome to melanosome transport / neutrophil degranulation / eosinophil degranulation / 小胞融合 / vesicle transport along microtubule / SNARE complex / Golgi to plasma membrane protein transport / SNAP receptor activity / calcium-ion regulated exocytosis / early endosome to late endosome transport / Α顆粒 / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / SNARE complex assembly / positive regulation of dendrite morphogenesis / syntaxin binding / azurophil granule membrane / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / エキソサイトーシス / 仮足 / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / 小胞 / vesicle-mediated transport / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / GTPase activator activity / SNARE binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / neuron projection morphogenesis / secretory granule membrane / filopodium / 分泌 / cytoplasmic vesicle membrane / ゴルジ体 / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / positive regulation of neuron projection development / phagocytic vesicle membrane / メラノソーム / シナプス小胞 / late endosome / protein transport / apical part of cell / lamellipodium / late endosome membrane / リソソーム / エンドソーム / neuron projection / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 細胞膜 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain ...VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Synaptobrevin signature. / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Longin-like domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain / Β-ラクタマーゼ / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vesicle-associated membrane protein 7 / Ankyrin repeat domain-containing protein 27
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schaefer, I.B. / Owen, D.J. / Luzio, J.P. / Evans, P.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Binding of Varp to Vamp7 Traps Vamp7 in a Closed, Fusogenically Inactive Conformation.
著者: Schafer, I.B. / Hesketh, G.G. / Bright, N.A. / Gray, S.R. / Pryor, P.R. / Evans, P.R. / Luzio, J.P. / Owen, D.J.
履歴
登録2012年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Data collection
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7
B: ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0132
ポリマ－51,0132
非ポリマー00
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.570, 122.660, 158.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 VESICLE-ASSOCIATED MEMBRANE PROTEIN 7 / VAMP-7 / SYNAPTOBREVIN-LIKE PROTEIN 1


分子量: 21520.695 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 1-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: VAMP7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS / 参照: UniProt: P70280
#2: タンパク質 ANKYRIN REPEAT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 27 / VARP / VPS9 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN


分子量: 29492.562 Da / 分子数: 1 / 断片: 2ND ANKYRIN REPEAT DOMAIN, RESIDUES 659-921 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: VARP658-921 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS / 参照: UniProt: Q96NW4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.91 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 5 TO 7.5 % (V/V) ISOPROPANOL AND 0.1 M IMIDAZOLE PH 6.5-7.8 IN HANGING AND SITTING DROPS AT 4 DEGREES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→56 Å / Num. obs: 43692 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 100 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0018精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→39.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.895 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2505 2332 5.1 %RANDOM
Rwork0.21312 ---
obs0.21505 43692 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.152 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.83 Å20 Å20 Å2
2--1.07 Å20 Å2
3----3.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 0 209 2916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8371.9513728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87636169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8845346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26224.58131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.70115488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7851517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2834.8772758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2364.982695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1897.2233727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 172 -
Rwork0.391 3184 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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