PDB-4b7r: H1N1 2009 Pandemic Influenza Virus: Resistance of the I223R Neura...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b7r

タイトル

H1N1 2009 Pandemic Influenza Virus: Resistance of the I223R Neuraminidase Mutant Explained by Kinetic and Structural Analysis

要素

NEURAMINIDASE

ノイラミニダーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

NEURAMINIDASE INHIBITOR (ノイラミニダーゼ阻害薬) / NAI /

NAIS /

ZANAMIVIR (ザナミビル) / RESISTANCE / ANTIVIRAL RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity /

ノイラミニダーゼ /

viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Liu, J. / van der Vries, E. / Vachieri, S.G. / Xiong, X. / Collins, P.J. / Walker, P.A. / Haire, L.F. / Hay, A.J. / Schutten, M. / Osterhaus, A.D.M.E. ...

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: H1N1 2009 Pandemic Influenza Virus: Resistance of the I223R Neuraminidase Mutant Explained by Kinetic and Structural Analysis
著者: Van Der Vries, E. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Xiong, X. / Liu, J. / Walker, P.A. / Haire, L.F. / Hay, A.J. / Schutten, M. / Osterhaus, A.D.M.E. / Martin, S.R. / Boucher, C.A.B. / ...

履歴

登録	2012年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月10日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月17日	Group: Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b7r.cif.gz	611.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b7r.ent.gz	509.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/4b7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/4b7r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4b7jC 4b7mC 4b7nC 4b7qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4b7m-1 5nzf-d 5nz4-2 5nze-1 5hug-1 6g02-2 6g02-1 5nwe-d 4b7j-1 4b7n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (6) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NEURAMINIDASE

B: NEURAMINIDASE

C: NEURAMINIDASE

D: NEURAMINIDASE

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.650, 148.820, 166.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	NEURAMINIDASE / ノイラミニダーゼ分子量: 42640.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OSELTAMIVIR LIGAND BOUND 由来: (天然) INFLUENZA A VIRUS (A/CALIFORNIA/07/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 参照: UniProt: C7FH46

-
糖 , 2種, 13分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 972分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-G39 / (3R,4R,5S)-4-(acetylamino)-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid / Oseltamivir carboxylate / オセルタミビルカルボキシラ-ト / オセルタミビル分子量: 284.351 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₄N₂O₄ / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 956 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	RESIDUES 1-82 WERE PROTEOLYTICALY CLEAVED USING BROMELAIN DURING PURIFICATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.66 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 15% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE AND 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER (PH 4.6)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 163254 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→29.818 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 100 / 位相誤差: 17.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1732	8184	5 %
R_work	0.1457	-	-
obs	0.1471	163045	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.056 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11976	0	344	956	13276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12685
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19	17201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.779	4571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	1817
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2206

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3045	229	0.3005	4844	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9216-1.9442	0.2647	259	0.2259	5024	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9442-1.9679	0.2504	268	0.2038	5041	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9679-1.9928	0.1979	245	0.183	5180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.019	0.2238	261	0.1756	5112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0467	0.2076	267	0.1731	5130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.0759	0.225	277	0.1805	5142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0759-2.1069	0.2115	236	0.1621	5179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1398	0.195	270	0.1482	5141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1398-2.1749	0.1719	251	0.1489	5133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2124	0.1862	280	0.1557	5139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2124-2.2526	0.227	302	0.1924	5143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2526-2.2959	0.1979	271	0.1631	5099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2959-2.3427	0.1938	280	0.1495	5156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3427-2.3936	0.1857	283	0.1453	5129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3936-2.4493	0.1916	304	0.1459	5146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4493-2.5105	0.1792	289	0.147	5141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5105-2.5784	0.1793	307	0.1459	5103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6542	0.192	271	0.1474	5158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6542-2.7398	0.176	241	0.1511	5204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7398-2.8377	0.1777	276	0.1455	5183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8377-2.9512	0.1958	290	0.1457	5181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9512-3.0854	0.1618	274	0.138	5175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0854-3.2478	0.1728	273	0.1405	5192	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2478-3.451	0.1571	266	0.1348	5236	X-RAY DIFFRACTION	100
3.451-3.717	0.1501	268	0.13	5232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.717-4.0903	0.1393	291	0.1219	5204	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0903-4.6802	0.1314	253	0.1132	5318	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6802-5.8891	0.1529	308	0.1324	5296	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8891-29.8221	0.1758	294	0.1632	5500	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4863	0.0236	0.267	0.6021	-0.0983	0.5109	-0.0241	-0.005	0.0791	0.0593	-0.0192	-0.0454	-0.115	0.0262	0.0604	0.2237	-0.0032	0.0119	0.208	0.0218	0.2328	20.1654	12.3301	-29.5125
2	0.7447	-0.0888	0.3222	0.4948	-0.0719	0.8443	-0.0797	0.0127	0.2013	0.0636	-0.0303	-0.0698	-0.299	0.0555	0.11	0.3012	0.0014	-0.0224	0.1828	0.0349	0.2622	16.5206	27.5103	-34.2489
3	0.7499	0.1521	0.097	1.0115	0.0537	1.133	-0.0299	0.005	0.2924	0.1033	-0.0561	-0.3209	-0.4	0.2746	0.0696	0.3623	-0.09	-0.0752	0.2709	0.0453	0.3634	33.9933	28.377	-24.2802
4	0.6247	0.0347	0.6	0.6053	-0.1901	0.6625	-0.0837	0.0046	0.1156	0.0894	0.0402	-0.1267	-0.1354	0.1674	0.0526	0.237	-0.0238	-0.008	0.1986	0.0339	0.2417	27.5312	14.8155	-25.2962
5	0.2995	-0.02	0.0862	0.604	-0.0001	0.4413	-0.0311	0.0437	0.0521	0.0171	-0.0017	0.0269	-0.0641	-0.0135	0.0245	0.2003	0.01	-0.0105	0.2198	0.0015	0.2124	23.334	-3.1573	-11.5442
6	0.4644	0.0553	0.2386	0.456	0.0288	0.8541	-0.0279	-0.0016	0.0431	0.1009	-0.0121	-0.0714	-0.0231	0.073	0.0387	0.1863	0.0111	-0.0092	0.1801	-0.0066	0.1784	30.7506	-4.5194	1.8146
7	0.5412	0.3152	0.3383	0.4854	-0.0678	0.4449	-0.0058	-0.0432	0.0417	0.0347	-0.0057	0.0364	-0.0049	-0.0469	0.0056	0.184	0.0172	0.0242	0.1888	-0.0167	0.1865	6.5886	-20.4943	-21.4465
8	0.4991	0.0165	0.0275	0.1681	0.1067	0.3699	-0.0687	0.0525	0.0762	0.0566	-0.0354	0.0711	-0.029	-0.1464	0.0907	0.216	0.0104	0.0131	0.2145	-0.0103	0.2302	7.7836	-15.3185	-15.3532
9	0.594	0.1932	0.0123	0.5828	0.1051	0.4978	0.0589	-0.0935	-0.0166	0.1528	-0.0334	0.0592	0.0958	-0.1035	-0.0307	0.2448	-0.0097	0.0178	0.2098	-0.0003	0.1852	4.5403	-28.7159	-3.6097
10	0.6167	0.2718	0.4018	0.6595	-0.1403	0.6563	0.063	-0.0476	-0.0771	0.0866	-0.0219	0.0808	0.1699	-0.1048	-0.0407	0.2133	-0.0268	0.0208	0.1715	-0.0012	0.1815	-5.6377	-38.0229	-17.0224
11	0.7388	0.4273	-0.0904	0.7903	-0.3268	0.9203	-0.0789	0.2133	-0.183	-0.0706	0.0824	0.0637	0.1593	-0.1817	0.0141	0.2413	-0.0202	0.014	0.2388	-0.0431	0.2401	-7.5842	-37.0855	-27.6917
12	0.5796	0.2867	0.3622	0.7389	-0.3804	1.0676	0.0347	0.0952	0.0066	-0.0054	-0.0126	0.006	0.0508	-0.0636	-0.0301	0.1874	-0.0067	0.0095	0.169	-0.0153	0.1747	1.472	-24.3875	-27.4426
13	0.3111	0.186	0.0565	0.5806	-0.2867	0.3885	0.0005	-0.0095	0.0121	-0.0044	-0.002	0.0352	-0.0396	-0.0533	0.0039	0.2124	0.0285	0.0127	0.2362	0.0028	0.1901	2.0909	-2.8327	-39.7167
14	0.3474	-0.0189	-0.0816	0.5168	-0.3832	0.4684	0.0153	-0.0102	0.1031	0.033	0.0231	0.0471	-0.0309	-0.0533	-0.0613	0.2134	0.0201	0.0186	0.2337	-0.0005	0.2202	-5.662	-9.3997	-33.1433
15	0.8322	-0.3466	-0.5024	1.5641	0.331	1.0681	0.0524	0.0027	0.0878	0.0186	0.017	0.2311	-0.0629	-0.3186	-0.0497	0.1745	0.0131	0.0041	0.2713	0.0261	0.2373	-15.3422	-8.907	-41.9254
16	0.4703	0.0379	0.0039	0.6633	-0.244	0.5911	0.0043	-0.031	0.0471	0.0046	0.0733	0.2234	-0.0674	-0.2782	-0.0681	0.1999	0.0122	0.0063	0.3285	0.0368	0.2886	-19.1907	-4.4719	-47.1605
17	0.8083	0.3729	-0.1332	0.7886	-0.5211	0.7103	-0.0342	0.3338	0.0478	-0.2188	0.0293	0.1117	0.0055	-0.2128	-0.0276	0.2253	0.0301	-0.0236	0.3553	0.0375	0.2516	-12.6082	0.733	-60.3692
18	0.9846	0.0122	-0.0996	0.6768	0.1412	0.5111	-0.0162	0.3217	0.1629	-0.1387	0.0086	0.083	-0.1301	-0.1375	0.0174	0.2132	0.0473	0.0019	0.25	0.0531	0.2088	-5.6462	8.6073	-56.5159
19	0.7331	0.2956	0.3325	0.8279	-0.2988	0.5901	0.0449	0.0602	0.1126	-0.0995	-0.0166	-0.0078	-0.0728	-0.0031	-0.0356	0.1989	0.0201	0.0156	0.2125	0.0237	0.1747	3.5273	3.5855	-45.6374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 83:156)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 157:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 350:402)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 403:469)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 83:189)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 190:469)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN C AND RESID 83:156)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN C AND RESID 157:189)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 190:279)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 280:376)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 377:402)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 403:469)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 83:156)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 157:217)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 218:245)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 246:311)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN D AND RESID 312:349)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN D AND RESID 350:402)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 403:469)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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