+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4b6g | ||||||
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Title | The Crystal Structure of the Neisserial Esterase D. | ||||||
Components | PUTATIVE ESTERASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / FORMALDEHYDE DETOXIFICATION / ALPHA/BETA SERINE HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / formaldehyde catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | NEISSERIA MENINGITIDIS MC58 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Counago, R.M. / Kobe, B. | ||||||
Citation | Journal: Antioxid. Redox Signal. / Year: 2013 Title: A glutathione-dependent detoxification system is required for formaldehyde resistance and optimal survival of Neisseria meningitidis in biofilms. Authors: Chen, N.H. / Counago, R.M. / Djoko, K.Y. / Jennings, M.P. / Apicella, M.A. / Kobe, B. / McEwan, A.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4b6g.cif.gz | 331.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4b6g.ent.gz | 277.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4b6g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b6g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3fcxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32388.193 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) NEISSERIA MENINGITIDIS MC58 (bacteria) / Strain: C311 / Variant: NUMBER 3 / Plasmid: PMSGC7 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9JZ43, S-formylglutathione hydrolase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 45 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: 25 MM BIS-TRIS (PH 6.5), 200 MM LITHIUM SULFATE AND 25% PEG 3350. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95369 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 30, 2010 / Details: SILICON MIRRORS (ADAPTIVE AND U-BENT) |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (SI111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→19.84 Å / Num. obs: 151514 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 10.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.37 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3FCX Resolution: 1.4→19.842 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 0 / Phase error: 13.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.023 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→19.842 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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