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Yorodumi- PDB-4b5e: Crystal Structure of an amyloid-beta binding single chain antibod... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4b5e | ||||||
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Title | Crystal Structure of an amyloid-beta binding single chain antibody PS2-8 | ||||||
Components | PS2-8 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / VHH / ALZHEIMER'S DISEASE | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | LAMA GLAMA (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.936 Å | ||||||
Authors | Beringer, D.X. / Dorresteijn, B. / Rutten, L. / Wienk, H. / el Khattabi, M. / Kroon-Batenburg, L.M.J. / Verrips, C.T. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Amyloid-Beta Binding Single Chain Antibody Ps2-8 Authors: Beringer, D.X. / Dorresteijn, B. / Rutten, L. / Wienk, H. / El Khattabi, M. / Kroon-Batenburg, L.M.J. / Verrips, C.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4b5e.cif.gz | 111.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4b5e.ent.gz | 87.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4b5e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/4b5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/4b5e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4b41S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9997, 0.0063, 0.0247), Vector: |
-Components
#1: Antibody | Mass: 13728.176 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) LAMA GLAMA (llama) / Plasmid: PMEK220 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): K-12 / Variant (production host): TG1 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.78 Å3/Da / Density % sol: 31 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / pH: 6.5 Details: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M NACITRATE PH 5.2, 26-28% PEGME5,000 TEMP 18 C |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2011 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: BARTELS MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.94→44.32 Å / Num. obs: 15145 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15 |
Reflection shell | Resolution: 1.94→2.04 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 94.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4B41 Resolution: 1.936→44.314 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2.02 / Phase error: 22.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.936→44.314 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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