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- PDB-4b3d: Humanised monomeric RadA in complex with 5-methyl indole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b3d
タイトルHumanised monomeric RadA in complex with 5-methyl indole
要素DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RECOMBINASE / THERMOSTABLE (耐熱性) / PEPTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain ...DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-METHYL INDOLE / リン酸塩 / DNA repair and recombination protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.589 Å
データ登録者Scott, D.E. / Ehebauer, M.T. / Pukala, T. / Marsh, M. / Blundell, T.L. / Venkitaraman, A.R. / Abell, C. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Using a Fragment-Based Approach to Target Protein-Protein Interactions.
著者: Scott, D.E. / Ehebauer, M.T. / Pukala, T. / Marsh, M. / Blundell, T.L. / Venkitaraman, A.R. / Abell, C. / Hyvonen, M.
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
C: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7198
ポリマ－51,0042
非ポリマー7156
水12,106672
1
A: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8594
ポリマ－25,5021
非ポリマー3573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8594
ポリマ－25,5021
非ポリマー3573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.280, 87.246, 62.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99993, -0.01187, 0.00085), (0.01187, -0.99993, 0.00239), (0.00082, 0.0024, 1)
ベクター: 21.5149, -23.87217, 31.20703)

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要素

#1: タンパク質 DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA / RADA


分子量: 25502.150 Da / 分子数: 2 / 断片: ATPASE / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (ピュロコックス・フリオスス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CONTAINING PUBS520 PLASMID / 参照: UniProt: O74036
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-5MI / 5-METHYL INDOLE / 5-メチル-1H-インド-ル / 5-メチルインドール


分子量: 131.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9N / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.37 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2 / 詳細: 8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→43.62 Å / Num. obs: 57763 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.76
反射 シェル解像度: 1.59→1.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PZN CHAIN A

1pzn


解像度: 1.589→40.266 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 2935 5.1 %
Rwork0.1786 --
obs0.1803 57753 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.177 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5699 Å20 Å2-0.1576 Å2
2---3.6616 Å20 Å2
3---2.0917 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.589→40.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3339 0 50 672 4061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9824992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7631392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5891-1.61510.28711350.26022308X-RAY DIFFRACTION88
1.6151-1.6430.24991240.24232634X-RAY DIFFRACTION100
1.643-1.67290.29421440.2312643X-RAY DIFFRACTION100
1.6729-1.7050.28671430.21822586X-RAY DIFFRACTION100
1.705-1.73980.22011470.21032613X-RAY DIFFRACTION100
1.7398-1.77770.27011420.19272622X-RAY DIFFRACTION100
1.7777-1.8190.22661430.19272633X-RAY DIFFRACTION100
1.819-1.86450.23581350.18652596X-RAY DIFFRACTION100
1.8645-1.91490.25131580.19132650X-RAY DIFFRACTION100
1.9149-1.97130.22951220.17752596X-RAY DIFFRACTION100
1.9713-2.03490.23071480.1742663X-RAY DIFFRACTION100
2.0349-2.10760.20731410.16262611X-RAY DIFFRACTION100
2.1076-2.1920.18881330.16292602X-RAY DIFFRACTION100
2.192-2.29180.22641350.15692665X-RAY DIFFRACTION100
2.2918-2.41260.2021240.16762628X-RAY DIFFRACTION100
2.4126-2.56370.23021410.17542613X-RAY DIFFRACTION100
2.5637-2.76160.23651340.18252645X-RAY DIFFRACTION100
2.7616-3.03940.22441520.18522614X-RAY DIFFRACTION100
3.0394-3.4790.17361500.16332640X-RAY DIFFRACTION100
3.479-4.38240.15651370.14052623X-RAY DIFFRACTION99
4.3824-40.27910.18071470.17012633X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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