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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4au9 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Fungal DyP-Type Peroxidase from Auricularia auricula-judae | |||||||||
![]() | DYP-TYPE PEROXIDASE I![]() | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Strittmatter, E. / Pecyna, M. / Ullrich, R. / Hofrichter, M. / Plattner, D.A. / Liers, C. / Piontek, K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: First Crystal Structure of a Fungal High-Redox Potential Dye-Decolorizing Peroxidase: Substrate Interaction Sites and Long-Range Electron Transfer. 著者: Strittmatter, E. / Liers, C. / Ullrich, R. / Wachter, S. / Hofrichter, M. / Plattner, D.A. / Piontek, K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2d3qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.34081, 0.92871, -0.14607), ベクター ![]() |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 46987.066 Da / 分子数: 2 / 断片: DYP-TYPE PEROXIDASE DOMAIN, RESIDUES 1-448 / 由来タイプ: 天然 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM), ACCESS NUMBER DSMZ 11326 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
#5: 糖 | ![]() |
-非ポリマー , 5種, 689分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #7: 化合物 | ChemComp-ACT / | ![]() #8: 化合物 | ChemComp-TAM / | ![]() #9: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE |
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結晶化![]() | pH: 8.5 詳細: 0.17 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE 0.085 M TRIS HYDROCHLORIDE PH 8.5 25.5% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 15% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.1→49.01 Å / Num. obs: 49651 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.02 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 93.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2D3Q 解像度: 2.1→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 3.451 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.03 Å
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拘束条件 |
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