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万見
- PDB-4ams: A Megaviridae ORFan gene encode a new nucleotidyl transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ams
タイトルA Megaviridae ORFan gene encode a new nucleotidyl transferase
要素MG662
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / MIMIVIRUS (ミミウイルス) / TRANSCRIPTION COUPLED DNA REPAIR
機能・相同性: / : / L544, nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyl transferase L544, helical domain / GTP binding / metal ion binding / Uncharacterized protein mg662
機能・相同性情報
生物種MEGAVIRUS CHILIENSIS (メガウイルス・キレンシス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Priet, S. / Abergel, C.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: A Megaviridae Orphan Gene Encodes a New Nucleotidyl Transferase
著者: Ciaccafava, A. / Lartigue, A. / Mansuelle, P. / Jeudy, S. / Abergel, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of a Possible Transcription Factor Encoded by the Mimivirus L544 Gene.
著者: Ciaccafava, A. / Lartigue, A. / Mansuelle, P. / Jeudy, S. / Abergel, C.
履歴
登録2012年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MG662
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2143
ポリマ－46,1661
非ポリマー492
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.632, 100.632, 168.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 MG662


分子量: 46165.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MEGAVIRUS CHILIENSIS (メガウイルス・キレンシス)
プラスミド: MODIFIED PETDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: G5CQN7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ADDITIONAL N-TERMINAL HIS-TAG, SER 1 REPLACES INITIATION METHIONINE. NUCLEOTIDYL TRANSFERASE ...ADDITIONAL N-TERMINAL HIS-TAG, SER 1 REPLACES INITIATION METHIONINE. NUCLEOTIDYL TRANSFERASE CATALYTIC DOMAIN IS RESIDUES 1-197.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.43 %
結晶化pH: 6
詳細: PROTEIN CONCENTRATION: 5 TO 12 MG/ML IN 10 MM CAPS BUFFER, 150 MM NACL, PH 10.5 RESERVOIR SOLUTION: 150 MM NA ACETATE PH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→24.6 Å / Num. obs: 26030 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 65.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CaspR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AMQ

4amq


解像度: 2.6→24.558 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 24.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 1308 5 %
Rwork0.2112 --
obs0.213 26030 95.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.331 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4309 Å20 Å20 Å2
2--4.4309 Å20 Å2
3----8.8619 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3070 0 2 102 3174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3384246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5651191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.7040.31961490.26682520X-RAY DIFFRACTION90
2.704-2.82690.31341140.23772589X-RAY DIFFRACTION91
2.8269-2.97570.26711400.23932663X-RAY DIFFRACTION94
2.9757-3.16180.28931310.23882756X-RAY DIFFRACTION96
3.1618-3.40540.30541690.22712702X-RAY DIFFRACTION96
3.4054-3.7470.25751510.22892676X-RAY DIFFRACTION93
3.747-4.28670.19991450.18462823X-RAY DIFFRACTION98
4.2867-5.39130.19671620.16882923X-RAY DIFFRACTION100
5.3913-24.55910.23991470.20023070X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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