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- PDB-4al0: Crystal structure of Human PS-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4al0
タイトルCrystal structure of Human PS-1
要素PROSTAGLANDIN E SYNTHASE
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / LIPID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fever generation / prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / prostaglandin-D synthase activity / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process ...regulation of fever generation / prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / prostaglandin-D synthase activity / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / nuclear envelope lumen / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / sensory perception of pain / regulation of inflammatory response / cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Microsomal glutathione S-transferase 1-like / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタチオン / パルミチン酸 / Prostaglandin E synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Sjogren, T. / Nord, J. / Ek, M. / Johansson, P. / Liu, G. / Geschwindner, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Microsomal Prostaglandin E2 Synthase Provides Insight Into Diversity in the Mapeg Superfamily.
著者: Sjogren, T. / Nord, J. / Ek, M. / Johansson, P. / Liu, G. / Geschwindner, S.
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22013年3月20日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROSTAGLANDIN E SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7857
ポリマ－17,1231
非ポリマー1,6616
水1,58588
1
A: PROSTAGLANDIN E SYNTHASE
ヘテロ分子

A: PROSTAGLANDIN E SYNTHASE
ヘテロ分子

A: PROSTAGLANDIN E SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,35421
ポリマ－51,3703
非ポリマー4,98418
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint-52.1 kcal/mol
Surface area17820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.742, 76.742, 123.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2058-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROSTAGLANDIN E SYNTHASE / / MICROSOMAL GLUTATHIONE S-TRANSFERASE 1-LIKE 1 / MGST1-L1 / MICROSOMAL PROSTAGLANDIN E SYNTHASE 1 / ...MICROSOMAL GLUTATHIONE S-TRANSFERASE 1-LIKE 1 / MGST1-L1 / MICROSOMAL PROSTAGLANDIN E SYNTHASE 1 / MPGES-1 / P53-INDUCED GENE 12 PROTEIN


分子量: 17123.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14684, prostaglandin-E synthase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.99 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→58.53 Å / Num. obs: 89826 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.16→1.23 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.16→58.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.573 / SU ML: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12964 4445 4.9 %RANDOM
Rwork0.12192 ---
obs0.12231 85370 96.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.297 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.04 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→58.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1159 0 75 88 1322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6552.0231906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25832392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2165175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.00220.9851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3715218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0741512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1890.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.65132366
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.353528
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.65752381
LS精密化 シェル解像度: 1.165→1.195 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 301 -
Rwork0.268 6447 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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