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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ake | ||||||
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タイトル | ADENYLATE KINASE | ||||||
要素 | ADENYLATE KINASE | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE / ATP:AMP PHOSPHOTRANSFERASE / MYOKINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / リン酸化 ...purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Schlauderer, G.J. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Adenylate kinase motions during catalysis: an energetic counterweight balancing substrate binding. 著者: Muller, C.W. / Schlauderer, G.J. / Reinstein, J. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Movie of the Structural Changes During a Catalytic Cycle of Nucleoside Monophosphate Kinases 著者: Vonrhein, C. / Schlauderer, G.J. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Structure of the Complex between Adenylate Kinase from Escherichia Coli and the Inhibitor Ap5A Refined at 1.9 A Resolution. A Model for a Catalytic Transition State 著者: Muller, C.W. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ake.cif.gz | 94.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ake.ent.gz | 73.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ake.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4ake ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4ake | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.999606, -0.012438, 0.025179), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23620.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOSOL細胞質基質 / プラスミド: PAK601 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69441, adenylate kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE SECONDARY STRUCTURAL ELEMENTS PRESENTED BELOW ARE FROM PROGRAM DSSP. FOR MANUAL ASSIGNMENTS ...THE SECONDARY STRUCTURAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 17932 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.063 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rwork: 0.183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |