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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4aix | ||||||
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タイトル | Crystallographic structure of an amyloidogenic variant, 3rC34Y, of the germinal line lambda 3 | ||||||
要素 | IG LAMBDA CHAIN V-IV REGION BAU | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / AMYLOIDOSIS (アミロイドーシス) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Villalba, M.I. / Luna, O.D. / Rudino-Pinera, E. / Sanchez, R. / Sanchez-Lopez, R. / Rojas-Trejo, S. / Olamendi-Portugal, T. / Fernandez-Velasco, D.A. / Becerril, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Site-Directed Mutagenesis Reveals Regions Implicated in the Stability and Fiber Formation of Human Lambda3R Light Chains. 著者: Villalba, M.I. / Canul-Tec, J.C. / Luna-Martinez, O.D. / Sanchez-Alcala, R. / Olamendi-Portugal, T. / Rudino-Pinera, E. / Rojas, S. / Sanchez-Lopez, R. / Fernandez-Velasco, D.A. / Becerril, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4aix.cif.gz | 101.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4aix.ent.gz | 79.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4aix.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aix | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 11403.485 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | BECAUSE THIS VARIANT IS RESULT OF MODIFICATIONS OVER 3RJL2 IT IS NOT DEPOSITED IN ANY DATA BASE. ...BECAUSE THIS VARIANT IS RESULT OF MODIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.96 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 3 / 詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE, 40 % TREHALOSE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.972 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月1日 詳細: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111), 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→27.65 Å / Num. obs: 31131 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 16.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LIL 解像度: 1.8→24.869 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 2.85 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.558 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.869 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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