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万見
- PDB-4a24: Structural and functional analysis of the DEAF-1 and BS69 MYND domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a24
タイトルStructural and functional analysis of the DEAF-1 and BS69 MYND domains
要素DEFORMED EPIDERMAL AUTOREGULATORY FACTOR 1 HOMOLOG
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / ZINC-BINDING / TRANSCRIPTIONAL REGULATION / PROTEIN BINDING (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / embryonic skeletal system development / germ cell development / anatomical structure morphogenesis / neural tube closure / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / 核小体 / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / embryonic skeletal system development / germ cell development / anatomical structure morphogenesis / neural tube closure / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / 核小体 / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2220 / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / MYND finger / SAND-like domain superfamily / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. ...Helix Hairpins - #2220 / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / MYND finger / SAND-like domain superfamily / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Deformed epidermal autoregulatory factor 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kateb, F. / Perrin, H. / Tripsianes, K. / Zou, P. / Spadaccini, R. / Bottomley, M. / Bepperling, A. / Ansieau, S. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Analysis of the Deaf-1 and Bs69 Mynd Domains.
著者: Kateb, F. / Perrin, H. / Tripsianes, K. / Zou, P. / Spadaccini, R. / Bottomley, M. / Franzmann, T.M. / Buchner, J. / Ansieau, S. / Sattler, M.
履歴
登録2011年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.02023年6月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEFORMED EPIDERMAL AUTOREGULATORY FACTOR 1 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4083
ポリマ－5,2771
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DEFORMED EPIDERMAL AUTOREGULATORY FACTOR 1 HOMOLOG / DEAF-1 MYND / NUCLEAR DEAF-1-RELATED TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SUPPRESSIN / ZINC FINGER MYND DOMAIN- ...DEAF-1 MYND / NUCLEAR DEAF-1-RELATED TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SUPPRESSIN / ZINC FINGER MYND DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5


分子量: 5276.947 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 501-544 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMTHX-MYND / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75398
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
配列の詳細THE FIRST THREE RESIDUES, GAM, RESULT FROM THE TEV CLEAVAGE SITE TO REMOVE THE N-TERMINAL TAG

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2213D 1H-15N NOESY
3313D 1H-13C NOESY (ALIPHATIC CARBONS)
4413D 1H- 13C NOESY (AROMATIC CARBONS)
NMR実験の詳細Text: THE CHEMICAL SHIFTS OF THE DEAF-1 MYND DOMAIN WERE ASSIGNED USING STANDARD HETERONUCLEAR EXPERIMENTS ACQUIRED AT 295 K ON A 1 MM UNIFORMLY 15N,13C LABELED SAMPLE. EXPERIMENTS WERE CARRIED OUT ...Text: THE CHEMICAL SHIFTS OF THE DEAF-1 MYND DOMAIN WERE ASSIGNED USING STANDARD HETERONUCLEAR EXPERIMENTS ACQUIRED AT 295 K ON A 1 MM UNIFORMLY 15N,13C LABELED SAMPLE. EXPERIMENTS WERE CARRIED OUT ON BRUKER SPECTROMETERS OPERATING AT A PROTON FREQUENCY BETWEEN 500 AND 900 MHZ. ALL SPECTRA WERE PROCESSED USING THE PACKAGE NMRPIPE- NMRDRAW

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM6.5 1.0 atm295.0 K
2100 mM6.5 1.0 atm295.0 K
3100 mM6.5 1.0 atm295.0 K
4100 mM6.5 1.0 atm295.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNS-ARIANILGES精密化
NMRPipe構造決定
TALOS構造決定
Sparky構造決定
CYANA構造決定
ARIA-CNS構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM THE CYANA CALCULATIONS, TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM TALOS BASED ON SECONDARY CHEMICAL SHIFTS, AND RDC RESTRAINTS WERE APPLIED FOR A WATER REFINEMENT ...詳細: DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM THE CYANA CALCULATIONS, TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM TALOS BASED ON SECONDARY CHEMICAL SHIFTS, AND RDC RESTRAINTS WERE APPLIED FOR A WATER REFINEMENT CALCULATION USING A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN CNS. THE ZINC COORDINATION GEOMETRY WAS DEFINED AND MAINTAINED BY DISTANCE AND ANGLE CONSTRAINTS. .
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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