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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 422d | ||||||||||||||||||
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タイトル | 5'-R(*GP*AP*UP*CP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*U)-3' | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | データ登録者 | Eswaramoorthy, S. / Rao, S.T. / Sundaralingam, M. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 | タイトル: Structure of the dodecamer r(GAUCACUUCGGU) with four 5'-overhang nucleotides. 著者: Eswaramoorthy, S. / Rao, S.T. / Pan, B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 422d.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb422d.ent.gz | 14.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 422d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/22/422d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/22/422d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3789.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→10 Å / Num. all: 2742 / Num. obs: 2494 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 71 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 91 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 71 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: OCTAMER SEGMENT FROM 14-MER AUAUAUAUAUAUAU 解像度: 2.6→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.123 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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