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- PDB-3zyy: Reductive activator for corrinoid,iron-sulfur protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zyy
タイトルReductive activator for corrinoid,iron-sulfur protein
要素IRON-SULFUR CLUSTER BINDING PROTEIN
キーワードIRON-SULFUR-BINDING PROTEIN / ASHKA FAMILY / ATPASE (ATPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #880 / Domain of unknown function (DUF4445) / RACo, C-terminal / RACo linker region / RACo, middle region / RACo, middle domain superfamily / C-terminal domain of RACo the ASKHA domain / RACo linker region / RACo middle region / Beta-grasp domain ...Ubiquitin-like (UB roll) - #880 / Domain of unknown function (DUF4445) / RACo, C-terminal / RACo linker region / RACo, middle region / RACo, middle domain superfamily / C-terminal domain of RACo the ASKHA domain / RACo linker region / RACo middle region / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / リン酸塩 / Iron-sulfur cluster binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hennig, S.E. / Jeoung, J.-H. / Goetzl, S. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Redox-Dependent Complex Formation by an ATP-Dependent Activator of the Corrinoid/Iron-Sulfur Protein.
著者: Hennig, S.E. / Jeoung, J.H. / Goetzl, S. / Dobbek, H.
履歴
登録2011年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Other
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: IRON-SULFUR CLUSTER BINDING PROTEIN
Y: IRON-SULFUR CLUSTER BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,08919
ポリマ－137,5392
非ポリマー1,54917
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-182.2 kcal/mol
Surface area45330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.527, 91.191, 252.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN X AND (RESSEQ 108:425 OR RESSEQ 429:629 )
211CHAIN Y AND (RESSEQ 108:425 OR RESSEQ 429:629 )

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 XY

#1: タンパク質 IRON-SULFUR CLUSTER BINDING PROTEIN / ATP-DEPENDENT REDUCTIVE ACTIVATOR


分子量: 68769.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS (バクテリア)
株: Z-2091 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3ACS2

-
非ポリマー , 6種, 413分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.15 M MG-FORMATE, 15% (W/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 339176 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7_650)精密化
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→19.936 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES FROM 3 TO 107 IN CHAIN WERE NOT MODELED BECAUSE OF NO OBSERVABLE ELECTRON DENSITY. RESIDUES CYS38 TO CYS44 IN CHAIN X WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 4174 5 %
Rwork0.22 --
obs0.222 83461 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.258 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.8817 Å20 Å20 Å2
2---7.5969 Å20 Å2
3----9.2848 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8781 0 79 396 9256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.83612321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4763382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031580
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11X3897X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12Y3897X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2250.36421390.31332627X-RAY DIFFRACTION100
2.225-2.25110.36451340.30052567X-RAY DIFFRACTION100
2.2511-2.27850.31911410.2992670X-RAY DIFFRACTION100
2.2785-2.30730.31061340.27642551X-RAY DIFFRACTION100
2.3073-2.33760.32491390.27122633X-RAY DIFFRACTION100
2.3376-2.36960.32971370.25982597X-RAY DIFFRACTION100
2.3696-2.40340.28921390.26762644X-RAY DIFFRACTION100
2.4034-2.43920.31061360.26622590X-RAY DIFFRACTION100
2.4392-2.47730.3511390.27112633X-RAY DIFFRACTION100
2.4773-2.51780.37721370.28312617X-RAY DIFFRACTION100
2.5178-2.56110.30551370.27812595X-RAY DIFFRACTION100
2.5611-2.60760.34051390.26092641X-RAY DIFFRACTION100
2.6076-2.65770.30581360.25672590X-RAY DIFFRACTION100
2.6577-2.71180.27231410.25152660X-RAY DIFFRACTION100
2.7118-2.77060.30081360.24782587X-RAY DIFFRACTION100
2.7706-2.83490.30081390.25112649X-RAY DIFFRACTION100
2.8349-2.90550.28061370.2552607X-RAY DIFFRACTION100
2.9055-2.98390.27551390.24452641X-RAY DIFFRACTION100
2.9839-3.07140.26931390.24222640X-RAY DIFFRACTION100
3.0714-3.17010.2611400.24442653X-RAY DIFFRACTION100
3.1701-3.28290.27621380.23162634X-RAY DIFFRACTION100
3.2829-3.41380.28961400.22522654X-RAY DIFFRACTION100
3.4138-3.56830.27751390.21792640X-RAY DIFFRACTION100
3.5683-3.75520.25571410.20042672X-RAY DIFFRACTION100
3.7552-3.98880.22451400.19532662X-RAY DIFFRACTION100
3.9888-4.29390.20531390.1772651X-RAY DIFFRACTION100
4.2939-4.72080.21251420.16462695X-RAY DIFFRACTION100
4.7208-5.39210.22971420.19022702X-RAY DIFFRACTION100
5.3921-6.74940.24591450.21642747X-RAY DIFFRACTION100
6.7494-19.93710.18011500.18412838X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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