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- PDB-3zw7: The 3-dimensional structure of MpgP from Thermus thermophilus HB2... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zw7 | |||||||||
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Title | The 3-dimensional structure of MpgP from Thermus thermophilus HB27, in complex with the alpha-mannosylglycerate and metaphosphate. | |||||||||
![]() | MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE PHOSPHATASE![]() | |||||||||
![]() | ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Goncalves, S. / Esteves, A.M. / Santos, H. / Borges, N. / Matias, P.M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The Three-Dimensional Structure of Mannosyl-3-Phosphoglycerate Phosphatase from Thermus Thermophilus Hb27: A New Member of the Haloalkanoic Acid Dehalogenase Superfamily. Authors: Goncalves, S. / Esteves, A.M. / Santos, H. / Borges, N. / Matias, P.M. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2011 Title: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Mannosyl-3-Phosphoglycerate Phosphatase from Thermus Thermophilus Hb27. Authors: Goncalves, S. / Esteves, A.M. / Borges, N. / Santos, H. / Matias, P.M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 217.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 175.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ztwC ![]() 3ztySC ![]() 3zu6C ![]() 3zupC ![]() 3zwdC ![]() 3zwkC ![]() 3zx4C ![]() 3zx5C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.81179, 0.01077, 0.58385), Vector ![]() |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 3 molecules AB![](data/chem/img/2M8.gif)
![](data/chem/img/2M8.gif)
#1: Protein | ![]() Mass: 28219.281 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q72K29, ![]() #6: Sugar | ChemComp-2M8 / ( | |
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-Non-polymers , 5 types, 407 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PO3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PO3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | ![]() #4: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #5: Chemical | ChemComp-PO3 / | ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Nonpolymer details | 2-O-ALPHA-MANNOSYL-D-GLYCERATE (DMG): ASSIGNED PREVIOUSLY |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.35 % / Description: NONE |
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Crystal grow![]() | pH: 6.5 / Details: SEE ACTAF REFERENCE IN REMARK 1 ABOVE., pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jul 3, 2010 / Details: BENT CYLINDRICAL MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.9→60 Å / Num. obs: 39808 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23.79 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.92 / % possible all: 97.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 3ZTY Resolution: 1.898→24.958 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.67 / Phase error: 18.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.073 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.898→24.958 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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