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- PDB-3zus: Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zus
タイトルCrystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A
要素BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23
キーワードHYDROLASE/SIGNALING PROTEIN / HYDROLASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX / BOTULINUM NEUROTOXIN / SNARE / PROTEIN ENGINEERING (タンパク質工学)
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle targeting / host cell junction / trans-Golgi Network Vesicle Budding / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / post-Golgi vesicle-mediated transport / SNARE complex / negative regulation of neurotransmitter secretion / SNAP receptor activity / specific granule ...vesicle targeting / host cell junction / trans-Golgi Network Vesicle Budding / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / post-Golgi vesicle-mediated transport / SNARE complex / negative regulation of neurotransmitter secretion / SNAP receptor activity / specific granule / ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / histamine secretion by mast cell / host cell cytoplasmic vesicle / RHOF GTPase cycle / syntaxin-1 binding / syntaxin binding / host cell cytosol / synaptic vesicle priming / アズール顆粒 / RHOB GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / エキソサイトーシス / RHOQ GTPase cycle / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / protein transmembrane transporter activity / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / specific granule membrane / RAC1 GTPase cycle / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / 接着結合 / metalloendopeptidase activity / phagocytic vesicle membrane / protein transport / presynapse / ER-Phagosome pathway / toxin activity / membrane fusion / membrane => GO:0016020 / neuron projection / focal adhesion / Neutrophil degranulation / host cell plasma membrane / ミトコンドリア / タンパク質分解 / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Clostridium neurotoxin, translocation ...Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain / Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptosomal-associated protein 23 / Botulinum neurotoxin type A / Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Masuyer, G. / Stancombe, P. / Chaddock, J.A. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structures of Engineered Clostridium Botulinum Neurotoxin Derivatives
著者: Masuyer, G. / Stancombe, P. / Chaddock, J.A. / Acharya, K.R.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Other
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23
B: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23
C: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23
D: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,4618
ポリマ－425,1994
非ポリマー2624
水1,26170
1
A: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3652
ポリマ－106,3001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3652
ポリマ－106,3001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3652
ポリマ－106,3001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3652
ポリマ－106,3001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.179, 204.969, 130.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23 / BONT/A / BONTOXILYSIN-A / BOTOX / BOTULINUM NEUROTOXIN A LIGHT CHAIN / BOTULINUM NEUROTOXIN A HEAVY ...BONT/A / BONTOXILYSIN-A / BOTOX / BOTULINUM NEUROTOXIN A LIGHT CHAIN / BOTULINUM NEUROTOXIN A HEAVY CHAIN / SNAP-23 / VESICLE-MEMBRANE FUSION PROTEIN SNAP-23 PROTEIN


分子量: 106299.859 Da / 分子数: 4
断片: LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865
由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERA, DERIVATIVE OF BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A WITH ADDED SNAP23 DOMAIN BETWEEN LC AND HN, CONFLICT AT ASN 7 B CHAIN
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌), (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: ENGINEERED HUMAN SNAP23 PEPTIDE INSERTED WITHIN LC AND HN OF BOTULINUM NEUROTOXIN
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P10845, UniProt: O00161, UniProt: P0DPI1*PLUS, ボツリヌストキシン
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細HUMAN SNAP23 ENGINEERED BETWEEN LC AND HN OF BOTULINUM NEUROTOXIN A. PRO-ARG VARIANT IN O00161 NOT ...HUMAN SNAP23 ENGINEERED BETWEEN LC AND HN OF BOTULINUM NEUROTOXIN A. PRO-ARG VARIANT IN O00161 NOT DESCRIBED IN UNIPROT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50.4 Å / Num. obs: 97807 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W2D

2w2d


解像度: 2.95→130.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 49.172 / SU ML: 0.413 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.481 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. UNOBSERVED SNAP23 PEPTIDE - RESIDUES 435-498.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2926 4884 5 %RANDOM
Rwork0.24765 ---
obs0.2499 92854 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2 Å20 Å2-1.74 Å2
2---2.15 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→130.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27578 0 4 70 27652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02228166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8211.95738154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.38153401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.19125.5181410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.446154997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5461592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.24257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02121348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3321.516989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.598227614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.312311177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5724.510540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.952→3.029 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 352 -
Rwork0.323 6630 -
obs--96.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12320.45410.23870.83030.32580.95610.0537-0.0592-0.2045-0.0464-0.0242-0.16940.01730.0132-0.02950.0279-0.02830.01630.0447-0.01160.066516.1091-25.638965.4293
20.64350.03730.17150.45060.34580.82850.0808-0.00130.0178-0.069-0.06390.06040.0628-0.0799-0.01690.0833-0.00770.00320.07610.01820.0405-11.9768-26.047861.2363
30.5548-0.0276-0.14010.8993-0.5431.70950.02720.11310.01070.2343-0.06060.1017-0.04430.00830.03340.15480.00610.06860.03770.00790.036436.0151-7.888916.4406
40.61510.19470.3170.8546-0.18630.8078-0.04570.0409-0.1703-0.016-0.0164-0.17110.04760.06590.06210.0650.0263-0.00630.12880.00950.123844.1583-6.9109-10.7923
51.4829-0.61810.19882.3398-0.06161.25360.10940.2776-0.0443-0.0969-0.13710.7517-0.2003-0.08340.02780.13680.1073-0.02250.1225-0.0110.388824.159-48.4741-1.493
61.0702-0.21310.24681.2257-0.22351.52910.06170.21120.19660.0237-0.066-0.1566-0.2430.23110.00440.1983-0.05770.01960.1441-0.02030.102751.8508-47.77542.5256
70.669-0.3958-0.2731.3810.4661.44210.1330.0822-0.0303-0.5737-0.1051-0.0366-0.018-0.1642-0.02780.3988-0.0103-0.00060.0533-0.020.12044.248514.843746.4893
80.62480.1897-0.16461.2852-0.040.3688-0.09430.0061-0.0969-0.04030.01070.0009-0.0642-0.0480.08360.04870.0134-0.03660.09340.02660.1666-2.954814.74574.3886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 434
2X-RAY DIFFRACTION2A499 - 915
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 434
4X-RAY DIFFRACTION4B499 - 915
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 435
6X-RAY DIFFRACTION6C499 - 915
7X-RAY DIFFRACTION7D0 - 434
8X-RAY DIFFRACTION8D499 - 916

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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