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Yorodumi- PDB-3zp4: Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zp4 | |||||||||
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Title | Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with a transition state analog | |||||||||
Components | CHORISMATE MUTASE AROH | |||||||||
Keywords | ISOMERASE / PSEUDO-ALPHA BETA-BARREL / NON-PROTEINOGENIC AMINO ACID / SEMI-SYNTHETIC / TRANSITION STATE ANALOG | |||||||||
Function / homology | Function and homology information chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | BACILLUS SUBTILIS (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.798 Å | |||||||||
Authors | Burschowsky, D. / vanEerde, A. / Okvist, M. / Kienhofer, A. / Kast, P. / Hilvert, D. / Krengel, U. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: Electrostatic Transition State Stabilization Rather Than Reactant Destabilization Provides the Chemical Basis for Efficient Chorismate Mutase Catalysis. Authors: Burschowsky, D. / Van Eerde, A. / Okvist, M. / Kienhofer, A. / Kast, P. / Hilvert, D. / Krengel, U. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3zp4.cif.gz | 304.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3zp4.ent.gz | 254.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3zp4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/3zp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/3zp4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3zo8C 3zopC 3zp7C 1dbfS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14521.919 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) BACILLUS SUBTILIS (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: P19080 #2: Chemical | ChemComp-TSA / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.38 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6 Details: 100 MM MMT BUFFER - MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY - PH 6.0, 125 MM CALCIUM CHLORIDE, 24% W/V PEG 1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 |
Detector | Detector: CCD / Date: Oct 2, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→49.12 Å / Num. obs: 53585 / % possible obs: 86.1 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 23.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 61.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1DBF Resolution: 1.798→43.167 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.97 / Phase error: 26.62 / Stereochemistry target values: ML Details: INITIAL REFINEMENTS WERE PERFORMED WITH REFMAC. FINAL REFINEMENT WAS PERFORMED WITH PHENIX.REFINE.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.786 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.423 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.798→43.167 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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