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万見
- PDB-3zot: Structure of E.coli rhomboid protease GlpG in complex with monoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zot
タイトルStructure of E.coli rhomboid protease GlpG in complex with monobactam L29 (data set 2)
要素RHOMBOID PROTEASE GLPG
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / INTRA-MEMBRANE PROTEASE / ACYL ENZYME / BETA LACTAMS (Β-ラクタム) / ANTIBIOTIC (抗生物質)
機能・相同性
機能・相同性情報


rhomboid protease / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Rhomboid-like fold / Rhomboid-like / Peptidase S54, GlpG peptidase, N-terminal / Rhomboid protease GlpG / GlpG peptidase, N-terminal domain superfamily / Cytoplasmic N-terminal domain of rhomboid serine protease / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid family / Rhomboid-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L6C / Rhomboid protease GlpG
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Vinothkumar, K.R. / Pierrat, O.A. / Large, J.M. / Freeman, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of Rhomboid Protease in Complex with Beta-Lactam Inhibitors Defines the S2' Cavity.
著者: Vinothkumar, K.R. / Pierrat, O.A. / Large, J.M. / Freeman, M.
履歴
登録2013年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHOMBOID PROTEASE GLPG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,42613
ポリマ－20,3281
非ポリマー3,09812
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.200, 110.200, 128.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 RHOMBOID PROTEASE GLPG / INTRAMEMBRANE SERINE PROTEASE


分子量: 20328.121 Da / 分子数: 1 / 断片: CORE TM DOMAIN, RESIDUES 92-271 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE BETA LACTAM RING IS OPENED BY THE NUCLEOPHILIC ATTACK OF S201 ON C2-O1 TO FORM A COVALENT BOND
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P09391, rhomboid protease
#2: 化合物 ChemComp-L6C / phenyl N-[(1R)-3-oxidanylidene-1-phenyl-propyl]carbamate


分子量: 269.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15NO3
#3: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PHENYL(1-PHENYLBUT-3-EN-1-YL)CARBAMATE (L6C): COVALENTLY BONDED TO S201

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.25M NH4CL, 0.1M BIS-TRIS, PH7.0, 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9786
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→53.4 Å / Num. obs: 11901 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 37.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XOV

2xov


解像度: 2.399→53.379 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: BNG 406 IS ON SPECIAL POSITION AND REFINED WITH 0.5 OCCUPANCY. RESIDUES 248 AND 249 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 582 4.9 %
Rwork0.1984 --
obs0.2008 11900 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→53.379 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1411 0 90 29 1530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0612092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.762536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3993-2.64070.2851450.21822786X-RAY DIFFRACTION100
2.6407-3.02280.29941640.20072794X-RAY DIFFRACTION100
3.0228-3.80830.25551330.19812858X-RAY DIFFRACTION100
3.8083-53.3920.22181400.19292880X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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