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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zkg | ||||||
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タイトル | BACE2 MUTANT APO STRUCTURE | ||||||
要素 | BETA-SECRETASE 2Β-セクレターゼ2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ2 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / ゴルジ体 / protein processing / glucose homeostasis ...Β-セクレターゼ2 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / ゴルジ体 / protein processing / glucose homeostasis / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / ゴルジ体 / 小胞体 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Banner, D.W. / Kuglstatter, A. / Benz, J. / Stihle, M. / Ruf, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones 著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / ...著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / Kuglstatter, A. / Kusznir, E. / Laeremans, T. / Matile, H. / Miscenic, C. / Rufer, A. / Schlatter, D. / Steyeart, J. / Stihle, M. / Thoma, R. / Weber, M. / Ruf, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zkg.cif.gz | 158.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zkg.ent.gz | 123.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zkg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/3zkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/3zkg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42047.355 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR, RESIDUES 75-460 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5Z0, Β-セクレターゼ2 #2: 化合物 | ChemComp-B3P / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. ...THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. THE MUTATION HERE IS E269A IN THE PDB FILE AND E331A IN THE DATA BANK SEQUENCE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 0.1M TRIS PH8, 25% PEG3350, pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→32.8 Å / Num. obs: 61792 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.57 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 5.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 2.61 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2EWY 解像度: 1.9→32.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 4.517 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.255 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.82 Å
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拘束条件 |
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