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万見
- PDB-3x1o: Crystal structure of the ROQ domain of human Roquin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x1o
タイトルCrystal structure of the ROQ domain of human Roquin
要素Roquin-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / WINGED-HELIX MOTIF / RNA (リボ核酸) / cytosol (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / regulation of germinal center formation / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization ...negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / regulation of germinal center formation / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / P-body assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / miRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of B cell proliferation / T cell homeostasis / negative regulation of activated T cell proliferation / B cell homeostasis / cellular response to interleukin-1 / lymph node development / T cell proliferation / RNA stem-loop binding / spleen development / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / P-body / RING-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic stress granule / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / double-stranded RNA binding / T cell receptor signaling pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / : / Roquin 1/2-like, ROQ domain / Roquin II / Roquin II domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / : / Roquin 1/2-like, ROQ domain / Roquin II / Roquin II domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Roquin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Ose, T. / Verma, A. / Cockburn, J.B. / Berrow, N.S. / Alderton, D. / Stuart, D. / Owens, R.J. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Roquin binds microRNA-146a and Argonaute2 to regulate microRNA homeostasis
著者: Srivastava, M. / Duan, G. / Kershaw, N.J. / Athanasopoulos, V. / Yeo, J.H. / Ose, T. / Hu, D. / Brown, S.H.J. / Jergic, S. / Patel, H.R. / Pratama, A. / Richards, S. / Verma, A. / Jones, E.Y. ...著者: Srivastava, M. / Duan, G. / Kershaw, N.J. / Athanasopoulos, V. / Yeo, J.H. / Ose, T. / Hu, D. / Brown, S.H.J. / Jergic, S. / Patel, H.R. / Pratama, A. / Richards, S. / Verma, A. / Jones, E.Y. / Heissmeyer, V. / Preiss, T. / Dixon, N.E. / Chong, M.M.W. / Babon, J.J. / Vinuesa, C.G.
履歴
登録2014年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roquin-1
B: Roquin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,21223
ポリマ－47,5472
非ポリマー2,66521
水2,990166
1
A: Roquin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,42314
ポリマ－23,7731
非ポリマー1,65013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Roquin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7899
ポリマ－23,7731
非ポリマー1,0158
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.003, 78.322, 184.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-598-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Roquin-1 / Roquin / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type zinc finger domain- ...Roquin / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 1 / RING finger protein 198


分子量: 23773.301 Da / 分子数: 2 / 断片: Roq domain, UNP residues 145-344 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RC3H1, KIAA2025, RNF198 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5TC82
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M lithium chloride, 20% Glycol3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9535 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9535 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 20113 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1842 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.201→28.497 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2521 1216 6.06 %random
Rwork0.2167 ---
obs0.2189 20060 97.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→28.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2332 0 21 166 2519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9283200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.833883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005408
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2006-2.28860.31130.2259192790
2.2886-2.39270.2551210.2271198994
2.3927-2.51880.30911310.2211202395
2.5188-2.67650.30681400.2282206798
2.6765-2.8830.29011300.222212399
2.883-3.17280.23071400.22212134100
3.1728-3.63110.25831690.20562121100
3.6311-4.57170.21581300.19222186100
4.5717-28.49970.23871420.23572274100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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