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- PDB-3wxa: X-ray crystal structural analysis of the complex between ALG-2 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wxa
タイトルX-ray crystal structural analysis of the complex between ALG-2 and Sec31A peptide
要素
  • Programmed cell death protein 6プログラム細胞死
  • Protein transport protein Sec31AProtein targeting
キーワードAPOPTOSIS/TRANSPORT PROTEIN / PENTA-EF-HAND PROTEIN / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Membrane (生体膜) / Transport / Apoptosis (アポトーシス) / Calcium Binding (カルシウム) / APOPTOSIS-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle coat / neural crest formation / COPII-coated vesicle cargo loading / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / neural crest cell development / COPII vesicle coat / COPII vesicle coating / XBP1(S) activates chaperone genes / endoplasmic reticulum organization / negative regulation of TOR signaling ...vesicle coat / neural crest formation / COPII-coated vesicle cargo loading / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / neural crest cell development / COPII vesicle coat / COPII vesicle coating / XBP1(S) activates chaperone genes / endoplasmic reticulum organization / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of protein monoubiquitination / COPII-mediated vesicle transport / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / endoplasmic reticulum exit site / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein-membrane adaptor activity / MHC class II antigen presentation / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / apoptotic signaling pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / positive regulation of angiogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to heat / cytoplasmic vesicle / 血管新生 / protein dimerization activity / エンドソーム / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / magnesium ion binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein transport protein SEC31-like / Ancestral coatomer element 1, Sec16/Sec31 / Sec23-binding domain of Sec16 / EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...Protein transport protein SEC31-like / Ancestral coatomer element 1, Sec16/Sec31 / Sec23-binding domain of Sec16 / EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 6 / Protein transport protein Sec31A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Takahashi, T. / Suzuki, H. / Kawasaki, M. / Shibata, H. / Wakatsuki, S. / Maki, M.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of the Complex between Penta-EF-Hand ALG-2 Protein and Sec31A Peptide Reveals a Novel Target Recognition Mechanism of ALG-2
著者: Takahashi, T. / Kojima, K. / Zhang, W. / Sasaki, K. / Ito, M. / Suzuki, H. / Kawasaki, M. / Wakatsuki, S. / Takahara, T. / Shibata, H. / Maki, M.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 6
B: Programmed cell death protein 6
C: Protein transport protein Sec31A
D: Protein transport protein Sec31A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,52814
ポリマ－42,8744
非ポリマー65410
水50428
1
A: Programmed cell death protein 6
C: Protein transport protein Sec31A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7647
ポリマ－21,4372
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
2
B: Programmed cell death protein 6
D: Protein transport protein Sec31A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7647
ポリマ－21,4372
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.973, 81.973, 103.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 6 / プログラム細胞死 / Apoptosis-linked gene 2 protein / Probable calcium-binding protein ALG-2


分子量: 20158.492 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-191 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD6, ALG2 / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: O75340
#2: タンパク質・ペプチド Protein transport protein Sec31A / Protein targeting / ABP125 / ABP130 / SEC31-like protein 1 / SEC31-related protein A / Web1-like protein


分子量: 1278.458 Da / 分子数: 2 / 断片: ALG-2 binding site, UNP residues 837-848 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94979
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Cacodylate, 20% MPD, 0.05M Zinc Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1.28209 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28209 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→71 Å / Num. all: 16251 / Num. obs: 16160 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.36→2.421 Å / 冗長度: 10.3 % / Mean I/σ(I) obs: 33 / Num. unique all: 16251 / Rsym value: 0.08 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZND

2znd


解像度: 2.36→38.094 Å / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.13 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 813 5.03 %RANDOM
Rwork0.2254 ---
obs0.2304 16147 99.54 %-
all-16251 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→38.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 10 28 2998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6124102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.91104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003540
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3607-2.50840.30111430.2976252094
2.5084-2.70180.30871300.2795256095
2.7018-2.97310.33151360.2761255995
2.9731-3.40190.28781400.2504255995
3.4019-4.28070.22511430.198256795
4.2807-21.84010.24681210.2012254893

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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