+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wvq | ||||||
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Title | Structure of ATP grasp protein | ||||||
Components | PGM1 | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATP grasp domain / LIGASE | ||||||
Function / homology | Pre ATP-grasp domain / PGM1 C-terminal domain / PGM1 C-terminal domain / Pre ATP-grasp domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ATP binding / metal ion binding / PGM1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces cirratus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.955 Å | ||||||
Authors | Matsui, T. / Noike, M. / Ooya, K. / Sasaki, I. / Hamano, Y. / Maruyama, C. / Ishikawa, J. / Satoh, Y. / Ito, H. / Dairi, T. / Morita, H. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2015 Title: A peptide ligase and the ribosome cooperate to synthesize the peptide pheganomycin. Authors: Noike, M. / Matsui, T. / Ooya, K. / Sasaki, I. / Ohtaki, S. / Hamano, Y. / Maruyama, C. / Ishikawa, J. / Satoh, Y. / Ito, H. / Morita, H. / Dairi, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3wvq.cif.gz | 350.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3wvq.ent.gz | 296 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3wvq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3wvq_validation.pdf.gz | 477.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3wvq_full_validation.pdf.gz | 494.1 KB | Display | |
Data in XML | 3wvq_validation.xml.gz | 71.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3wvq_validation.cif.gz | 105.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/3wvq | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48616.133 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces cirratus (bacteria) / Strain: MD227-A9 / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: A0A0A6YVN3*PLUS #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: 0.1M Tris-HCl, pH 8.3, 1.175M Lithium Sulfate, 10mM L-Met, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.97939 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97939 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 154262 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 20.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 9.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.955→45.177 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.92 / Phase error: 24.11 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 269.01 Å2 / Biso mean: 22.2453 Å2 / Biso min: 5.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.955→45.177 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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