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- PDB-3wu4: Oxidized-form structure of E.coli Lon Proteolytic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wu4
タイトルOxidized-form structure of E.coli Lon Proteolytic domain
要素Lon proteaseLon protease family
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / OXIDIZED FORM / LON PROTEASE / CATALYTIC DYAD SER-LYS / ATP BINDING (アデノシン三リン酸)
機能・相同性Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nishii, W. / Kukimoto-Niino, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Muramatsu, T. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2015
タイトル: A redox switch shapes the Lon protease exit pore to facultatively regulate proteolysis.
著者: Nishii, W. / Kukimoto-Niino, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Muramatsu, T. / Kojima, M. / Kihara, H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2014年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lon protease
B: Lon protease
C: Lon protease
D: Lon protease
E: Lon protease
F: Lon protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,67911
ポリマ－128,1996
非ポリマー4805
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Lon protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3671
ポリマ－21,3671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Lon protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4632
ポリマ－21,3671
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Lon protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4632
ポリマ－21,3671
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Lon protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4632
ポリマ－21,3671
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
E: Lon protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4632
ポリマ－21,3671
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
F: Lon protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4632
ポリマ－21,3671
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.391, 86.391, 124.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Lon protease / Lon protease family


分子量: 21366.500 Da / 分子数: 6 / 断片: C-TERMINAL PROTEOLYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 585-784 / 変異: S679A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12, W3110 / 遺伝子: lon, EcDH1_3170, ECDH1ME8569_0424 / プラスミド: PMAL-C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9QQ79, endopeptidase La
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.1M AMMONIUM SULFATE, 0.1M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 111242 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.88 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RR9

1rr9


解像度: 1.7→37.41 Å / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.08 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.177 5596 5.03 %
Rwork0.152 --
obs0.156 111228 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8158 0 25 314 8497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98111273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8933102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7003-1.72960.34742830.3551530493
1.7296-1.7610.31372810.3121534094
1.761-1.79480.33942870.291528594
1.7948-1.83140.30652630.2743536694
1.8314-1.87120.24913290.2387533393
1.8712-1.91460.22862630.2182537594
1.9146-1.96240.23792740.2149541594
1.9624-2.01540.20352970.1966531894
2.0154-2.07460.20322600.1893540395
2.0746-2.14140.18062900.1733533494
2.1414-2.21780.18642480.1766547495
2.2178-2.30630.17912990.1597533394
2.3063-2.4110.18872800.162542595
2.411-2.53770.20172840.1716542395
2.5377-2.6960.18652810.1591539395
2.696-2.90310.15692920.1487540095
2.9031-3.19330.16742560.1371545995
3.1933-3.65080.14673260.1174530693
3.6508-4.58270.15052800.1008494686
4.5827-16.32710.14531930.1288400470
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.45070.16072.21313.34841.21513.68660.15930.0332-0.0785-0.0292-0.1990.00910.13740.29190.0960.1746-0.0020.01990.27940.00580.1722-68.0798101.6992-37.1173
21.7449-0.6858-0.87952.05690.06881.0744-0.1018-0.18830.0970.15740.0202-0.0755-0.08260.16090.08790.1887-0.0101-0.03160.245-0.00570.1542-67.1338112.9225-30.6215
32.255-0.1-0.10121.5665-0.23220.80560.0341-0.4214-0.0110.3978-0.06970.076-0.0712-0.0288-0.01420.2594-0.02330.02050.3174-0.0150.1092-70.3378107.3379-26.9504
43.2351-0.55282.22781.4555-0.32744.09040.069-0.1459-0.20170.0168-0.08340.10630.1878-0.2263-0.08770.1922-0.03640.01570.2618-0.01510.1483-79.5064105.2342-35.0435
54.634-1.0324-0.31775.87291.13364.18270.08590.4841-0.3458-0.524-0.23140.28180.0599-0.18670.03850.2274-0.0236-0.01770.2801-0.08180.184-82.08599.9024-46.3397
62.37490.27021.29433.39721.20335.4320.1013-0.216-0.17590.1317-0.12660.07010.2221-0.22970.06370.1758-0.05980.0220.2761-0.00790.1889-84.924998.6994-37.6554
72.9478-0.33091.33652.1252-0.03053.8159-0.02850.1804-0.2018-0.03120.1345-0.4049-0.25560.4022-0.06210.2268-0.02860.03860.2460.02250.3731-40.9217100.2559-33.4485
82.27771.0897-0.47961.7683-0.19412.52010.0637-0.23970.1410.20410.0173-0.0836-0.1691-0.182-0.11270.18920.0294-0.01960.2305-0.00490.1966-50.8354106.9659-28.7662
92.97850.9723-0.36322.7120.29092.05430.0511-0.3771-0.11450.3112-0.0665-0.0790.0054-0.02210.03440.17060.0095-0.01470.23980.04560.174-47.914101.8963-24.4255
101.25610.3123-0.25162.4481.07934.13930.0419-0.0852-0.34920.0697-0.0038-0.11350.11190.1089-0.09810.1979-0.0035-0.00860.21030.06880.2473-49.990492.1915-32.034
114.7143-0.16290.30995.1989-0.50034.34070.09090.3286-0.5702-0.61-0.2493-0.56090.27370.4070.14250.28480.03460.06040.2190.01560.4299-45.38285.0015-41.5967
127.7994-0.39941.32376.7776-1.72621.7377-0.0254-0.7799-0.60150.4253-0.0247-0.473-0.1058-0.1670.13830.29170.007-0.01610.32260.12910.3174-48.539187.259-23.8308
132.5646-0.3804-0.1463.63920.71462.09420.04730.00540.19830.0498-0.00960.0613-0.03130.0044-0.10880.1647-0.00130.00480.2119-0.01050.1977-32.4388120.5862-28.7791
142.5662-0.47750.50934.8146-1.50313.5764-0.0559-0.489-0.20580.67340.02440.13120.1241-0.17440.04710.28940.00270.0210.31890.00430.2351-34.2851117.6486-16.309
151.1897-0.7001-0.39292.3411-0.13142.1802-0.0212-0.1454-0.0250.0935-0.0501-0.0237-0.04050.13080.01550.1839-0.0050.00020.23220.02180.2207-28.9345119.741-28.597
161.8011-0.6685-0.7652.01210.84393.4616-0.1017-0.1284-0.1710.20520.1218-0.12210.12930.2821-0.03460.17480.0268-0.0210.25090.03450.1563-24.1028111.6197-28.4755
173.66141.9039-0.69946.87971.10353.3392-0.01130.1835-0.199-0.12360.2144-0.1955-0.0280.1316-0.20020.16290.0202-0.01480.3238-0.01250.2257-16.0998112.0108-38.625
183.3316-0.3901-2.322.39981.64413.2525-0.0629-0.3192-0.02750.32210.177-0.07620.26640.2808-0.10080.18780.0275-0.04010.31820.02960.2497-15.395110.4503-28.6121
191.81920.36610.57882.83090.58480.2673-0.08620.37470.7433-0.13780.21690.2022-0.1586-0.39290.17430.2101-0.0325-0.07870.34880.0240.3977-39.076147.772-30.5477
201.7778-0.57281.13532.0507-1.19854.3458-0.1123-0.29460.09610.11160.01130.02530.205-0.22410.0750.1955-0.0020.01230.232-0.03880.2428-40.4837135.4385-25.7841
213.87560.78470.02962.3557-0.65923.7763-0.0992-0.5513-0.30860.4363-0.1264-0.2278-0.0051-0.01480.20780.2820.028-0.01350.303-0.0250.3697-41.1264138.2008-16.1136
222.32460.5570.00080.7702-0.26482.7903-0.0645-0.12490.1840.0826-0.0403-0.01780.0051-0.00050.26580.22270.0096-0.03640.2289-0.010.3254-37.7916143.445-28.2872
233.32131.5251-1.68793.5057-1.04213.8939-0.00850.010.56760.0090.1229-0.034-0.19240.0326-0.0770.1457-0.0304-0.04490.2069-0.02350.3164-28.245147.3938-31.1217
246.6935-0.2389-0.03728.29220.60466.64240.05240.06480.1351-0.71160.2352-0.86890.03460.6581-0.18340.262-0.07290.060.2779-0.00110.466-19.0144145.8394-35.6734
253.83922.2416-1.8535.014-1.90954.1736-0.0407-0.2390.39780.1084-0.1777-0.2755-0.11220.25050.20360.1855-0.032-0.07650.2808-0.0120.4285-22.8903150.0767-26.7104
262.2079-0.0339-2.2350.8907-0.67222.87820.05660.11360.3809-0.17630.12070.2260.1979-0.24930.01640.2222-0.0262-0.03360.2253-0.02050.3896-67.9544149.3605-32.3506
272.8834-0.1931-0.6111.37271.7096.066-0.0061-0.2515-0.00410.14760.1420.07030.1693-0.06780.07850.2146-0.0148-0.02090.1994-0.02940.2398-62.1362137.2397-27.9088
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378.793-3.06891.07546.9237-0.97395.7012-0.1004-0.55870.52860.8653-0.11420.04850.1465-0.08250.11210.3621-0.05410.02050.3619-0.0530.2663-76.4645133.4296-15.9844
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404.01951.00440.55056.67480.33854.7414-0.10280.15320.4208-0.35490.15080.2699-0.0807-0.18490.04330.19880.0042-0.09450.26660.05340.3346-89.0483137.2502-45.6314
413.66750.08861.84863.0604-0.38436.767-0.06-0.24960.31410.05310.07860.4793-0.0575-0.5955-0.08090.15910.0336-0.01180.2848-0.01920.3519-92.0113137.6063-36.8843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 596:619 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 620:647 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 648:693 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 694:718 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 719:746 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 747:773 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 595:619 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 620:647 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 648:693 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 694:718 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 719:762 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 763:774 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 595:647 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 648:669 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESID 670:693 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESID 694:718 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESID 719:746 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESID 747:775 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESID 594:619 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESID 620:648 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESID 649:669 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESID 670:693 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESID 694:732 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN D AND (RESID 733:746 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN D AND (RESID 747:775 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN E AND (RESID 591:619 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN E AND (RESID 620:631 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN E AND (RESID 632:652 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN E AND (RESID 653:669 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN E AND (RESID 670:693 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN E AND (RESID 694:718 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN E AND (RESID 719:732 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN E AND (RESID 733:762 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN E AND (RESID 763:784 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN F AND (RESID 595:619 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN F AND (RESID 620:647 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN F AND (RESID 648:661 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN F AND (RESID 662:680 )
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN F AND (RESID 681:718 )
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN F AND (RESID 719:746 )
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN F AND (RESID 747:773 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る