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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wkr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the SepCysS-SepCysE complex from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / aminoacyl tRNA synthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase / Sep-tRNA:Cys-tRNA synthase activity / 翻訳 (生物学) 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å | ||||||
データ登録者 | Nakazawa, Y. / Asano, N. / Nakamura, A. / Yao, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Ancient translation factor is essential for tRNA-dependent cysteine biosynthesis in methanogenic archaea. 著者: Liu, Y. / Nakamura, A. / Nakazawa, Y. / Asano, N. / Ford, K.A. / Hohn, M.J. / Tanaka, I. / Yao, M. / Soll, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wkr.cif.gz | 363 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wkr.ent.gz | 291.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wkr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/3wkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/3wkr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47424.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1678 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q59072, O-phospho-L-seryl-tRNA:Cys-tRNA synthase #2: タンパク質 | 分子量: 25334.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ1481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58876 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: Ammonium citrate, PEG3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si (11 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.498 |
反射 | 解像度: 2.8→47.3 Å / Num. obs: 74017 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.11 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 9.28 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 3.16 % / Rmerge F obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / Num. measured obs: 38762 / Num. possible: 6732 / Num. unique obs: 6424 / Rrim(I) all: 0.706 / Rsym value: 0.623 / % possible all: 94.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.803→47.3 Å / FOM work R set: 0.8219 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.184 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 245.58 Å2 / Biso mean: 101.35 Å2 / Biso min: 14.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.803→47.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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