PDB-3wja: The crystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent malic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wja

タイトル

The crystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent malic enzyme in apo form

要素

NADP-dependent malic enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADP(+)-binding Rossmann-fold domains /

oxidoreductase activity (酸化還元酵素) /

metal ion binding (金属)

機能・相同性

機能・相同性情報

リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) (NADP+) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity /

malic enzyme activity / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / nucleotide biosynthetic process /

oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process /

ピルビン酸 / NADP metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.548 Å

データ登録者

Li, S.-Y. / Chen, M.-C. / Yang, P.-C. / Chan, N.-L. / Liu, J.-H. / Hung, H.-C.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Structural characteristics of the nonallosteric human cytosolic malic enzyme.
著者: Hsieh, J.Y. / Li, S.Y. / Chen, M.C. / Yang, P.C. / Chen, H.Y. / Chan, N.L. / Liu, J.H. / Hung, H.C.

履歴

登録	2013年10月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wja.cif.gz	643.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wja.ent.gz	545.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wja.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/3wja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/3wja	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gq2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gq2-1 1gq2-4 1qr6-1 1gq2-2 5ou5-d 1pjl-2 1efk-d 1gq2-3 1pjl-1 7bsj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADP-dependent malic enzyme

B: NADP-dependent malic enzyme

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADP-dependent malic enzyme

B: NADP-dependent malic enzyme

A: NADP-dependent malic enzyme

B: NADP-dependent malic enzyme

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
261 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.213, 116.138, 182.403
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-690- HOH
2	1	B-719- HOH

#1: タンパク質	NADP-dependent malic enzyme / cytosolic NADP(+)-dependent malic enzyme / NADP-ME / Malic enzyme 1 分子量: 65294.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P48163, リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) (NADP+)
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

NADP-dependent malic enzyme / cytosolic NADP(+)-dependent malic enzyme / NADP-ME / Malic enzyme 1

分子量: 65294.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P48163,

リンゴ酸デヒドロゲナーゼ (オキサロ酢酸脱炭酸) (NADP+)

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 250mM LiCl, 19% (w/v) PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月21日詳細: Vertically Collimating Premirror, LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator, Toroidal Focusing Mirror
放射	モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.548→30 Å / Num. all: 49600 / Num. obs: 49232 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 18.944
反射シェル	解像度: 2.548→2.64 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 2.692 / Num. unique all: 4821 / R_sym value: 0.433 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GQ2

1gq2

解像度: 2.548→25.146 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8403 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2221	1914	4.08 %	RANDOM
R_work	0.1818	-	-	-
all	0.1835	49600	-	-
obs	0.1835	46914	94.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 167.08 Å² / B_iso mean: 57.7521 Å² / B_iso min: 21.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.548→25.146 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8873	0	0	266	9139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9045
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.765	12244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.283	3404
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1597

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5481-2.6118	0.3704	124	0.2628	2809	2933	83
2.6118-2.6823	0.3175	124	0.2406	2910	3034	88
2.6823-2.7612	0.2332	131	0.2256	2986	3117	89
2.7612-2.8502	0.2686	132	0.2064	3046	3178	91
2.8502-2.9519	0.2517	137	0.2078	3170	3307	94
2.9519-3.0699	0.2643	138	0.2179	3170	3308	94
3.0699-3.2093	0.2541	132	0.2096	3238	3370	96
3.2093-3.3782	0.2673	138	0.2051	3305	3443	98
3.3782-3.5893	0.2359	139	0.1978	3317	3456	99
3.5893-3.8655	0.1903	140	0.1734	3355	3495	98
3.8655-4.2528	0.189	143	0.1586	3364	3507	99
4.2528-4.8643	0.195	143	0.146	3396	3539	99
4.8643-6.1139	0.2046	144	0.1705	3383	3527	97
6.1139-25.1475	0.1886	149	0.1537	3551	3700	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1342	0.4338	1.1853	1.2065	0.3973	1.2103	-0.1224	-0.0081	0.1915	0.065	0.0688	0.2419	-0.2156	-0.0676	0.0245	0.2725	0.0291	0.0653	0.2824	0.0185	0.2125	7.28	2.8101	19.6384
2	1.2022	-0.6429	-0.251	1.4453	0.6244	0.7694	0.0714	-0.0657	0.2472	0.0401	0.054	-0.1763	-0.1844	0.1294	0.1051	0.2698	0.0042	0.05	0.3147	-0.0457	0.2708	28.237	19.6131	22.6067
3	1.7185	0.0052	0.1731	1.3029	-0.2232	0.3185	-0.0605	-0.6632	0.4331	0.3563	0.0291	-0.2344	-0.2231	0.0786	-0.232	0.4235	0.0806	0.0402	0.3922	-0.2065	0.484	26.7207	38.6654	44.3112
4	0.512	0.3546	0.7212	0.6181	0.7496	1.3658	-0.1192	-0.1334	0.1868	-0.0348	0.0177	0.2146	-0.2338	-0.3323	0.0734	0.3251	0.099	0.019	0.3216	0.0031	0.4608	7.0561	27.4559	21.0073
5	0.6196	0.2476	-0.4293	1.4579	0.3026	0.6552	-0.021	-0.0758	-0.0963	-0.211	0.0667	-0.0321	0.0818	-0.131	0.0875	0.3295	0.0622	0.0313	0.4278	-0.0168	0.2483	30.3238	-2.7808	15.2945
6	1.5203	-0.8409	-0.0165	2.0533	-0.2794	0.3849	0.0346	0.0126	-0.1967	0.1413	0.0762	0.3149	0.164	-0.0587	0.3264	0.2746	0.0088	0.0252	0.266	0.0511	0.2372	8.6666	-20.8918	20.8694
7	1.9224	-0.0063	0.0929	1.6579	-0.4332	2.3356	0.0567	-0.2433	-0.3641	0.0872	-0.102	0.0121	0.2677	-0.0453	-0.0107	0.3219	0.0375	-0.0139	0.1837	0.0636	0.3726	14.5493	-41.5704	33.8864
8	0.2866	0.3561	-0.4164	0.3324	-0.4065	0.7091	-0.0162	0.053	-0.1113	-0.0128	-0.0148	-0.1382	0.0678	0.1756	0.0029	0.3264	0.0474	0.0282	0.4327	-0.0504	0.3716	34.1463	-19.0344	-0.4254

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 18:102 )	A	18 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 103:298 )	A	103 - 298
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 299:442 )	A	299 - 442
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 443:579 )	A	443 - 579
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 18:74 )	B	18 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 75:298 )	B	75 - 298
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 299:533 )	B	299 - 533
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 534:580 )	B	534 - 580

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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