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- PDB-3wbm: Crystal Structure of protein-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wbm
タイトルCrystal Structure of protein-RNA complex
要素
  • DNA/RNA-binding protein Alba 1
  • RNA (25-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / DNA/RNA BINDING / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / 染色体 / double-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA-binding protein Alba / Alba-like domain / DNA/RNA-binding protein Alba-like / オールバニ / Alba-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / DNA/RNA-binding protein Alba 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus shibatae (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ding, J. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Biochemical and structural insights into RNA binding by Ssh10b, a member of the highly conserved Sac10b protein family in Archaea.
著者: Guo, L. / Ding, J. / Guo, R. / Hou, Y. / Wang, D.C. / Huang, L.
履歴
登録2013年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA-binding protein Alba 1
B: DNA/RNA-binding protein Alba 1
C: DNA/RNA-binding protein Alba 1
D: DNA/RNA-binding protein Alba 1
X: RNA (25-MER)
Y: RNA (25-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3056
ポリマ－58,3056
非ポリマー00
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area25040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.890, 69.760, 48.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-60-

PHE

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要素

#1: タンパク質
DNA/RNA-binding protein Alba 1 / Ssh10b


分子量: 10601.442 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae (古細菌) / 株: 2286 / 遺伝子: albA1, ssh10b / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P60848
#2: RNA鎖 RNA (25-MER)


分子量: 7949.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% (v/v) PEG 5000 MME, 100mM Bis-Tris, 200mM sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9642 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9642 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.84 Å / Num. all: 37892 / Num. obs: 37589 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 5444 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H0X

1h0x


解像度: 2→43.804 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8165 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1882 5.01 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.2139 37900 --
obs0.2139 37582 99.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.773 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.96 Å2 / Biso mean: 40.5243 Å2 / Biso min: 14.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2402 Å2-0 Å21.7172 Å2
2---0.6102 Å2-0 Å2
3---5.8504 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2664 1050 0 310 4024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6725420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7921645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004493
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.05410.30571440.2495270799
2.0541-2.11450.28931400.2273273699
2.1145-2.18280.26371370.2221272599
2.1828-2.26080.28211450.2166269599
2.2608-2.35130.26871490.2164273899
2.3513-2.45830.3051350.2341272499
2.4583-2.58790.29281470.2307276499
2.5879-2.750.25671280.23552764100
2.75-2.96230.28161500.23112747100
2.9623-3.26030.26191440.222780100
3.2603-3.73190.2391690.20522748100
3.7319-4.70090.20471310.17792802100
4.7009-43.81460.22311630.2092277098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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