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- PDB-3w42: Crystal structure of RsbX in complex with manganese in space group P1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w42
タイトルCrystal structure of RsbX in complex with manganese in space group P1
要素Phosphoserine phosphatase RsbX
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Signaling protein / Stressosome / Environmental stress (ストレス (生体)) / Phosphoric Monoester Hydrolases / Dephosphorylation (脱リン酸化) / Tertiary (第三紀) / phosphatase (ホスファターゼ) / Protein phosphatase (プロテインホスファターゼ) / magnesium/manganese binding / alpha-beta beta-alpha sandwich fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスホセリンホスファターゼ / L-phosphoserine phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / response to heat
類似検索 - 分子機能
Phosphatase RsbX / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phosphoserine phosphatase RsbX
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Teh, A.H. / Makino, M. / Baba, S. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of the RsbX phosphatase involved in the general stress response of Bacillus subtilis
著者: Teh, A.H. / Makino, M. / Hoshino, T. / Baba, S. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T.
履歴
登録2013年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoserine phosphatase RsbX
B: Phosphoserine phosphatase RsbX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4544
ポリマ－44,3442
非ポリマー1102
水10,971609
1
A: Phosphoserine phosphatase RsbX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2272
ポリマ－22,1721
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphoserine phosphatase RsbX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2272
ポリマ－22,1721
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.198, 41.649, 68.755
Angle α, β, γ (deg.)81.17, 89.96, 71.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Phosphoserine phosphatase RsbX / Sigma-B negative effector


分子量: 22172.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU04740, rsbX / プラスミド: pTYB11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P17906, ホスホセリンホスファターゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20 % PEG 1000, 0.1M Tris-HCl, 5mM MgCl2, 3mM MnCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→50 Å / Num. obs: 155995 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.06→1.1 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 71.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3W45

3w45


解像度: 1.06→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.02 / SU B: 0.756 / SU ML: 0.018 / SU R Cruickshank DPI: 0.0284 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15492 7240 5 %RANDOM
Rwork0.12707 ---
obs0.12847 136539 92.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å2-0.26 Å20 Å2
2--0.38 Å2-0.01 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3108 0 2 609 3719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0223553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2161.9684848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30636180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1415505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55825.125160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78315710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9741516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2661.52187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7591.5892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3223580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.87431366
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0894.51219
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.05336040
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.061→1.088 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 427 -
Rwork0.215 8666 -
obs--79.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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