+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w37 | |||||||||
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Title | Sugar beet alpha-glucosidase with acarbose | |||||||||
Components | Alpha-glucosidase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / CARBOHYDRATE / alpha-glucosidase / glycoside hydrolase family 31 / (beta/alpha)8-barrel / acarbose | |||||||||
Function / homology | Function and homology information alpha-glucosidase / maltose alpha-glucosidase activity / carbohydrate binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Beta vulgaris (beet) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Tagami, T. / Yamashita, K. / Okuyama, M. / Mori, H. / Yao, M. / Kimura, A. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Molecular basis for the recognition of long-chain substrates by plant & alpha-glucosidase Authors: Tagami, T. / Yamashita, K. / Okuyama, M. / Mori, H. / Yao, M. / Kimura, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3w37.cif.gz | 360.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3w37.ent.gz | 294.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3w37.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w37 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 102512.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: seeds / Source: (natural) Beta vulgaris (beet) / Strain: cv. Abend / References: UniProt: L0N7E5*PLUS, alpha-glucosidase |
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-Sugars , 4 types, 4 molecules
#2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#3: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#4: Polysaccharide | 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-acarbose |
#8: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 4 types, 746 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-SO4 / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS AB699590 FOR THIS SEQUENCE. |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 50mM ammonium sulfate, 50mM sodium acetate buffer, 16% PEG monomethylether 2000, 14mM acarbose, pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jul 6, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→43.18 Å / Num. obs: 102030 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.145 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 11.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→39.527 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.06 / FOM work R set: 0.91 / SU ML: 0.35 / Phase error: 15.82
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.1 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.4 Å2 / Biso mean: 23.0816 Å2 / Biso min: 6.3 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→39.527 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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