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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w2c | ||||||
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タイトル | Structure of Aurora kinase A complexed to benzoimidazole-indazole inhibitor XV | ||||||
![]() | Aurora kinase A![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Interaction between PHLDA1 and AURKA / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oliveira, T.M. / Kairies, N.A. / Engh, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Flexibility and multiple conformations of the activation and glycine rich loops of aurora A accompanying inhibitor binding 著者: Oliveira, T.M. / Kairies, N. / Engh, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 30308.822 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 128-388 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O14965, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-N15 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日 | |||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.4→45.731 Å / Num. all: 66919 / Num. obs: 50800 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 | |||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.48 Å / % possible all: 49 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.45→45.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 12.083 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.712 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→45.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
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