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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vxw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Atg8 complexed with Atg32 AIM | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / ubiquitin fold / mitophagy (マイトファジー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondria-nucleus signaling pathway / Cvt vesicle membrane / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / regulation of membrane invagination / vacuole-isolation membrane contact site / protein targeting to vacuole involved in autophagy / オートファジー / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy ...mitochondria-nucleus signaling pathway / Cvt vesicle membrane / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / regulation of membrane invagination / vacuole-isolation membrane contact site / protein targeting to vacuole involved in autophagy / オートファジー / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / protein-containing complex localization / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / reticulophagy / vacuolar membrane / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / オートファゴソーム / regulation of macroautophagy / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ミトコンドリア / オートファジー / protein tag activity / mitochondrial outer membrane / membrane fusion / ubiquitin protein ligase binding / ミトコンドリア / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Noda, N.N. / Inagaki, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Autophagy-related protein 32 acts as autophagic degron and directly initiates mitophagy 著者: Kondo-Okamoto, N. / Noda, N.N. / Suzuki, S.W. / Nakatogawa, H. / Takahashi, I. / Matsunami, M. / Hashimoto, A. / Inagaki, F. / Ohsumi, Y. / Okamoto, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vxw.cif.gz | 36.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vxw.ent.gz | 24.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vxw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/3vxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/3vxw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2zpnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13757.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APG8, ATG8, AUT7, CVT5, YBL0732, YBL078C / プラスミド: pHT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38182 | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 731.796 Da / 分子数: 1 / Fragment: Atg8-family interacting motif / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence corresponds to residues 86-90 of Saccharomyces cerevisiae Atg32 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40458 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 2.4M ammnonium sulfate, 0.1M sodium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. all: 3969 / Num. obs: 3969 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 7.4 % / Num. unique all: 384 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ZPN 解像度: 3→42.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 132387.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.4316 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→42.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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