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- PDB-3vxj: Dye-decolorizing peroxidase (DyP) complex with 2,6-dimethoxyphenol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vxj
タイトルDye-decolorizing peroxidase (DyP) complex with 2,6-dimethoxyphenol
要素DyP
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DyP / Dye-decolorizing peroxidase / 2 / 6-dimethoxyphenol
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DyP dimeric alpha+beta barrel domain / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-dimethoxyphenol / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DyP
類似検索 - 構成要素
生物種Bjerkandera adusta (ヤケイロタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Sugano, Y. / Yoshida, T. / Tsuge, H.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Dye-decolorizing peroxidase (DyP) complex with 2,6-dimethoxyphenol
著者: Sugano, Y. / Yoshida, T. / Tsuge, H.
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DyP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7216
ポリマ－47,4971
非ポリマー1,2245
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.167, 96.344, 49.778
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 DyP / dye-decolorizing peroxidase


分子量: 47497.344 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 57-498 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bjerkandera adusta (ヤケイロタケ)
株: Dec 1 / 遺伝子: dyp / プラスミド: pTAex3 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株 (発現宿主): M-2-3 / 参照: UniProt: Q8WZK8, dye decolorizing peroxidase
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 169分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-3DM / 2,6-dimethoxyphenol / 2,6-ジメトキシフェノ-ル / Syringol


分子量: 154.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 % / Mosaicity: 1.223 °
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG8000, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 36.86 / 数: 284023 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 2.08 / D res high: 1.39 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 77992 / % possible obs: 95.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.775082.510.0332.083.4
2.993.7792.610.0311.8783.6
2.622.9998.410.0341.8243.7
2.382.6298.410.041.9573.8
2.212.3898.210.0432.0683.8
2.082.219810.0492.2543.7
1.972.0897.510.0562.353.7
1.891.9797.610.0652.4033.7
1.811.8997.210.0742.3523.7
1.751.8197.110.0862.2713.7
1.71.7596.710.0962.183.7
1.651.796.410.1122.1263.6
1.61.6596.610.1262.1483.6
1.571.69610.142.0433.6
1.531.5795.810.1592.1083.6
1.51.5395.310.1831.9883.6
1.471.595.310.2021.9283.6
1.441.4795.310.2221.9053.5
1.411.4495.310.2461.7583.5
1.391.4194.910.2831.8063.5
反射解像度: 1.39→50 Å / Num. obs: 77992 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 2.076 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.39-1.413.50.28338841.806194.9
1.41-1.443.50.24638151.758195.3
1.44-1.473.50.22238961.905195.3
1.47-1.53.60.20238831.928195.3
1.5-1.533.60.18338461.988195.3
1.53-1.573.60.15939072.108195.8
1.57-1.63.60.1439042.043196
1.6-1.653.60.12638952.148196.6
1.65-1.73.60.11239042.126196.4
1.7-1.753.70.09639572.18196.7
1.75-1.813.70.08639342.271197.1
1.81-1.893.70.07439562.352197.2
1.89-1.973.70.06539872.403197.6
1.97-2.083.70.05639672.35197.5
2.08-2.213.70.04939712.254198
2.21-2.383.80.04340302.068198.2
2.38-2.623.80.0440111.957198.4
2.62-2.993.70.03440211.824198.4
2.99-3.773.60.03137981.878192.6
3.77-503.40.03334262.08182.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å24.51 Å
Translation3 Å24.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AFV

3afv


解像度: 1.39→48.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.1913 / WRfactor Rwork: 0.1759 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8957 / SU B: 1.547 / SU ML: 0.031 / SU R Cruickshank DPI: 0.0634 / SU Rfree: 0.0615 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1946 3880 5 %RANDOM
Rwork0.1802 ---
obs0.1809 77869 95.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 34.81 Å2 / Biso mean: 12.763 Å2 / Biso min: 2.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å20.38 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3331 0 83 165 3579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9964798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8575437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00824.908163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.55815494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8331516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212788
LS精密化 シェル解像度: 1.391→1.427 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 281 -
Rwork0.234 5206 -
all-5487 -
obs--91.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6938-0.2015-0.74812.3171-1.86183.99650.0141-0.20470.08320.35360.0147-0.024-0.30290.1056-0.02880.0551-0.0115-0.02290.0606-0.00180.043712.0707-7.603228.2671
21.12770.37480.07241.9608-0.41920.91630.019-0.00560.0246-0.0445-0.02590.00040.02080.05560.00690.02170.01140.00020.07490.00110.057515.066-13.367210.9918
30.5903-0.4229-0.7724.29591.65411.1421-0.0063-0.1335-0.03350.12690.0176-0.25880.05430.208-0.01130.01370.0083-0.0350.09960.02510.057420.7006-15.778720.9823
49.78921.3457-7.0118-0.46983.49430.4433-0.1541-0.62761.19360.29530.10290.2547-0.13652.3960.05120.1219-0.1768-0.12120.19460.06790.141824.5975-1.962224.7583
50.7337-0.0271-0.43890.2534-0.16040.6028-0.0309-0.0004-0.08820.0282-0.01140.01260.0717-0.00340.04230.03510.0034-0.00690.04050.00460.05634.792-18.941816.55
60.8257-0.34950.05221.45190.05870.44070.04730.087-0.0127-0.1694-0.05230.0356-0.0026-0.03890.0050.04110.0025-0.01560.051-0.0190.0394-3.0658-10.36174.0217
70.56330.1017-0.08640.7628-0.01210.33160.00020.02080.0245-0.0498-0.0058-0.07630.0220.0520.00550.0156-0.0006-0.00870.06180.00160.055918.5978-8.19778.3479
80.55080.258-0.69661.26380.15060.75530.0075-0.1722-0.07550.2155-0.0808-0.1590.08270.1870.07330.036-0.0014-0.02960.08410.01350.05767.35797.182922.4743
90.69530.3692-0.03071.4889-0.33690.4997-0.0109-0.07480.01780.14470.01290.0294-0.03340.0107-0.00190.0387-0.0015-0.00640.04690.00210.0351.0786-10.612128.1267
100.3263-0.33560.06492.7515-1.32490.80330.04250.08110.0046-0.1679-0.0748-0.0232-0.01190.00970.03220.05380.0097-0.00680.0577-0.00330.02362.1646.38582.3655
110.3426-0.1544-0.03380.9311-0.23520.57430.00840.0070.04150.0259-0.026-0.031-0.07980.05140.01770.0287-0.0066-0.00510.0393-0.00120.0349-2.712819.555916.2544
120.6314-0.22360.0530.8428-0.00040.3510.01520.04680.0306-0.0414-0.0174-0.0012-0.04460.02250.00220.0375-0.0021-0.0130.0478-0.00520.0448-0.743.066112.4348
130.6699-0.477-0.26681.00970.37710.63710.02860.0457-0.0453-0.1047-0.040.117-0.0265-0.04850.01140.02090.0028-0.02050.0468-0.0010.0512-12.204412.85928.2171
140.6218-0.22030.30351.0345-0.57061.29850.0226-0.0139-0.0714-0.0234-0.0367-0.04710.08950.07380.01410.03060.0018-0.00170.054-0.00580.05987.2444-14.876916.4182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2A19 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3A39 - 54
4X-RAY DIFFRACTION4A55 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5A66 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6A90 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7A116 - 161
8X-RAY DIFFRACTION8A162 - 188
9X-RAY DIFFRACTION9A189 - 218
10X-RAY DIFFRACTION10A219 - 233
11X-RAY DIFFRACTION11A234 - 315
12X-RAY DIFFRACTION12A316 - 381
13X-RAY DIFFRACTION13A382 - 420
14X-RAY DIFFRACTION14A421 - 442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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