+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vwa | ||||||
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Title | Crystal structure of Cex1p | ||||||
Components | Cytoplasmic export protein 1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / tRNA / nuclear export / HEAT repeat / kinase like domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Nozawa, K. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2013 Title: Crystal structure of Cex1p reveals the mechanism of tRNA trafficking between nucleus and cytoplasm Authors: Nozawa, K. / Ishitani, R. / Yoshihisa, T. / Sato, M. / Arisaka, F. / Kanamaru, S. / Dohmae, N. / Mangroo, D. / Senger, B. / Becker, H.D. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vwa.cif.gz | 222.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vwa.ent.gz | 185.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vwa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/3vwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/3vwa | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 63313.598 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 9-564 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CEX1, O3240, YOR112W, YOR3240w / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) Star2 / References: UniProt: Q12453 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.87 % / Mosaicity: 0.593 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 7% PEG 3350, 100mM Na-tartrate, 3% Isopropanol, 50mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.97914, 0.97941, 0.96410 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double-crystal monochromator / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 67587 / Num. obs: 67587 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.553 / Net I/σ(I): 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.2→45.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 6.074 / SU ML: 0.143 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.037 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.43 Å2 / Biso mean: 35.8545 Å2 / Biso min: 15.58 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→45.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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