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- PDB-3vu5: Short peptide HIV entry Inhibitor SC22EK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vu5
タイトルShort peptide HIV entry Inhibitor SC22EK
要素
  • SC22
  • Transmembrane protein gp41膜貫通型タンパク質
キーワードMEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR (生体膜) / 6-helix bundle / coiled-coil (コイルドコイル) / membrane (生体膜) / fusion inhibitor (侵入阻害剤) / HIV entry / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell periphery / CD4 receptor binding / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing ...host cell periphery / CD4 receptor binding / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
アンモニウム / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.087 Å
データ登録者Yao, X. / Chong, H.H. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / He, Y.X. / Cui, S.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2013
タイトル: Short-peptide fusion inhibitors with high potency against wild-type and enfuvirtide-resistant HIV-1
著者: Chong, H.H. / Yao, X. / Qiu, Z. / Sun, J. / Zhang, M. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Liu, S.-L. / Cui, S. / He, Y.X.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protein gp41
B: SC22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4894
ポリマ－7,3752
非ポリマー1142
水79344
1
A: Transmembrane protein gp41
B: SC22
ヘテロ分子

A: Transmembrane protein gp41
B: SC22
ヘテロ分子

A: Transmembrane protein gp41
B: SC22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,46612
ポリマ－22,1246
非ポリマー3426
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area10330 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.281, 45.281, 183.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-711-

HOH

21A-713-

HOH

31A-714-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Transmembrane protein gp41 / 膜貫通型タンパク質


分子量: 4489.252 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 553-590 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P03375
#2: タンパク質・ペプチド SC22


分子量: 2885.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence of SC22 does not occur naturally in HIV-1, but designed based on sequence of HIV-1 gp41 CHR
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.2M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, 24% PEG4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月22日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator Crystal Type Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.087→45.805 Å / Num. all: 7093 / Num. obs: 7093 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 32.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21.92
反射 シェル解像度: 2.09→2.21 Å / 冗長度: 1.57 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / Num. unique all: 1468 / % possible all: 72.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSpackageデータ削減
XDSpackageデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ENV

1env


解像度: 2.087→45.805 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8068 / SU ML: 0.21 / σ(F): 2.27 / 位相誤差: 23.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 355 5.01 %RANDOM
Rwork0.2326 ---
all0.2342 7093 --
obs0.2342 7089 96.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.374 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 113.14 Å2 / Biso mean: 43.2915 Å2 / Biso min: 17.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0961 Å20 Å2-0 Å2
2--6.0961 Å2-0 Å2
3----12.1922 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.087→45.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数521 0 6 44 571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.399714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.917205
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0868-2.38880.2241050.20012010211590
2.3888-3.00950.26361200.19322672387100
3.0095-45.81550.27411300.255424572587100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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