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万見
- PDB-3vtz: Structure of Thermoplasma volcanium aldohexose dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vtz
タイトルStructure of Thermoplasma volcanium aldohexose dehydrogenase
要素Glucose 1-dehydrogenaseグルコース-1-デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / NAD binding
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース-1-デヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma volcanium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Nishioka, T. / Tamura, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Thermoplasma volcanium aldohexose dehydrogenase
著者: Yasutake, Y. / Nishioka, T. / Tamura, T.
履歴
登録2012年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose 1-dehydrogenase
B: Glucose 1-dehydrogenase
C: Glucose 1-dehydrogenase
D: Glucose 1-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9864
ポリマ－116,9864
非ポリマー00
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17450 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area33700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.018, 110.018, 77.172
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Glucose 1-dehydrogenase / グルコース-1-デヒドロゲナーゼ


分子量: 29246.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 株: JCM 9571 / 遺伝子: TV0074 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97CM7, EC: 1.1.1.118
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M Li2SO4, 28% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 43989 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4645 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DTD

2dtd


解像度: 2.3→44.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 13.348 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23201 2342 5.1 %RANDOM
Rwork0.16682 ---
obs0.17007 43989 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å2-0.57 Å2-0 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7633 0 0 87 7720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0197749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0421.96610514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.07551002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.54324.478297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.247151349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7191544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.21262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215664
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 194 -
Rwork0.197 3227 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1578-0.4554-0.13720.9604-0.13460.84130.0174-0.0570.22160.0648-0.0142-0.2271-0.16020.1146-0.00320.08750.0182-0.01920.062-0.04040.1143-13.908427.2167-0.2117
21.3499-0.23470.01470.6812-0.21740.7585-0.00140.0682-0.2777-0.0502-0.00360.04940.1862-0.06150.0050.06050.0058-0.02510.0986-0.03960.1113-30.3378-3.8395-18.6315
31.0291-0.14490.48581.1883-0.05981.47920.0375-0.2551-0.06980.2714-0.00840.31880.0399-0.4204-0.02910.08890.00160.04670.1705-0.02030.1187-34.85488.43478.2387
41.17740.0846-0.25961.03850.36751.5826-0.02920.21590.3121-0.26510.05770.1604-0.4063-0.2087-0.02850.14450.0393-0.04990.11280.030.1274-26.599224.0259-27.0316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 256
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 256
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 256
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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