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万見
- PDB-3vrd: Crystal structure of flavocytochrome c from Thermochromatium tepidum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vrd
タイトルCrystal structure of flavocytochrome c from Thermochromatium tepidum
要素(Flavocytochrome c ...) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT/OXIDOREDUCTASE / sulfide oxidation / Heme c binding / FAD binding / ELECTRON TRANSPORT-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / ペリプラズム / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Flavocytochrome C Sulfide Dehydrogenase; Chain A Domain 3 / Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase, flavin-binding domain / Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase, flavin-binding / Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase, flavin-binding domain superfamily / Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase, flavin-binding / Cytochrome c4-like / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / Cytochrome c-like domain ...Flavocytochrome C Sulfide Dehydrogenase; Chain A Domain 3 / Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase, flavin-binding domain / Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase, flavin-binding / Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase, flavin-binding domain superfamily / Flavocytochrome c sulphide dehydrogenase, flavin-binding / Cytochrome c4-like / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / HEME C / 硝酸塩 / Flavocytochrome c heme subunit / Flavocytochrome c flavin subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hirano, Y. / Kimura, Y. / Suzuki, H. / Miki, K. / Wang, Z.-Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure Analysis and Comparative Characterization of the Cytochrome c' and Flavocytochrome c from Thermophilic Purple Photosynthetic Bacterium Thermochromatium tepidum
著者: Hirano, Y. / Kimura, Y. / Suzuki, H. / Miki, K. / Wang, Z.-Y.
履歴
登録2012年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / software / struct_conn / struct_conn_type
Item: _software.name / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavocytochrome c heme subunit
B: Flavocytochrome c flavin subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,80710
ポリマ－62,3842
非ポリマー2,4238
水9,962553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.617, 140.617, 57.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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Flavocytochrome c ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Flavocytochrome c heme subunit / fcca subunit


分子量: 19484.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D0G7Q3
#2: タンパク質 Flavocytochrome c flavin subunit / fccb subunit


分子量: 42900.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: D0G7Q4

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非ポリマー , 5種, 561分子

#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 18% PEG 3000, 0.2M potassium nitrate, 0.05M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 84166 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FCD

1fcd


解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.228 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19511 4208 5 %RANDOM
Rwork0.15969 ---
all0.16148 84163 --
obs0.16148 79955 93.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4379 0 165 553 5097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.024672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7442.0086371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5845574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66824.607191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.30315728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9741520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1980.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.0213585
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 260 -
Rwork0.223 5146 -
obs--83.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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